Phylogenomics and plastome evolution of a Brazilian mycoheterotrophic orchid, <i>Pogoniopsis schenckii</i>
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE: Pogoniopsis likely represents an independent photosynthesis loss in orchids. We use phylogenomic data to better identify the phylogenetic placement of this fully mycoheterotrophic taxon, and investigate its molecular evolution. METHODS: We performed likelihood analysis of plastid and mitochondrial phylogenomic data to localize the position of Pogoniopsis schenckii in orchid phylogeny, and investigated the evolution of its plastid genome. RESULTS: All analyses place Pogoniopsis in subfamily Epidendroideae, with strongest support from mitochondrial data, which also place it near tribe Sobralieae with moderately strong support. Extreme rate elevation in Pogoniopsis plastid genes broadly depresses branch support; in contrast, mitochondrial genes are only mildly rate elevated and display very modest and localized reductions in bootstrap support. Despite considerable genome reduction, including loss of photosynthesis genes and multiple translation apparatus genes, gene order in Pogoniopsis plastomes is identical to related autotrophs, apart from moderately shifted inverted repeat (IR) boundaries. All cis-spliced introns have been lost in retained genes. Two plastid genes (accD, rpl2) show significant strengthening of purifying selection. A retained plastid tRNA gene (trnE-UUC) of Pogoniopsis lacks an anticodon; we predict that it no longer functions in translation but retains a secondary role in heme biosynthesis. CONCLUSIONS: Slowly evolving mitochondrial genes clarify the placement of Pogoniopsis in orchid phylogeny, a strong contrast with analysis of rate-elevated plastome data. We documented the effects of the novel loss of photosynthesis: for example, despite massive gene loss, its plastome is fully colinear with other orchids, and it displays only moderate shifts in selective pressure in retained genes.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».