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Enregistrement W4306871314 · doi:10.1093/nar/gkac920

CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database

2022· article· en· W4306871314 sur OpenAlexafffund
Brian Alcock, William Huynh, Romeo Chalil, Keaton W Smith, Amogelang R. Raphenya, Mateusz A. Wlodarski, Arman Edalatmand, Aaron Petkau, Sohaib A Syed, Kara K. Tsang, Sheridan J.C. Baker, Mugdha Dave, Madeline C. McCarthy, Karyn M Mukiri, Jalees A. Nasir, Bahar Golbon, Hamna Imtiaz, Xingjian Jiang, Komal Kaur, Megan W‐L Kwong, Zi Cheng Liang, Keyu C Niu, Prabakar Shan, Jasmine Y J Yang, Kristen L. Gray, Gemma R Hoad, Baofeng Jia, Timsy Bhando, Lindsey A. Carfrae, Maya A. Farha, Shawn French, Rodion Gordzevich, Kenneth Rachwalski, Megan M. Tu, Emily Bordeleau, Damion Dooley, Emma Griffiths, Haley L. Zubyk, Eric D. Brown, Finlay Maguire, Robert G. Beiko, William Hsiao, Fiona S. L. Brinkman, Gary Van Domselaar, Andrew G. McArthur

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensDalhousie UniversitySimon Fraser UniversityUniversity of ManitobaPublic Health Agency of CanadaMcMaster University
Organismes subventionnairesMichael G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research, McMaster UniversityCisco Systems CanadaSimon Fraser UniversityInstitute of Infection and ImmunityCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaCanada Foundation for InnovationNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMcMaster UniversityCisco Systems
Mots-clésResistomeBiologyDatabaseData curationGeneticsComputational biologyAntibiotic resistanceGene nomenclatureGenomeGeneAntibioticsComputer scienceMobile genetic elementsWorld Wide Web

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OpenAlex consigne un résumé pour ce travail, mais il n'a pas pu être récupéré à l'instant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,020
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,056
Score d'incertitude au seuil0,187

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,020
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,003
Bibliométrie0,0070,008
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0050,004
Science ouverte0,0070,006
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0560,036

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2 141
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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