A Novel Cuproptosis-Related Signature Identified DLAT as a Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma Patients
Notice bibliographique
Résumé
Background: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common type of liver cancers, with more than a million cases per year by 2025. Cuproptosis is a novel form of programmed cell death, and is caused by mitochondrial lipoylation and destabilization of iron-sulfur proteins triggered by copper, which was considered as a key player in various biological processes. However, the roles of cuproptosis-related genes (CRGs) in HCC remain largely unknown. Methods: In the present study, we constructed and validated a four CRGs signature for predicting the overall survival (OS) of HCC patients in both The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) databases. Results: Patients with high CRGs risk score showed shorter OS than those with low CRGs risk score. Functional analysis suggested that the CRGs-based prognostic signature was associated with metabolism remodeling which facilitated liver cancer progression. In addition, reduced infiltration of CD8 + T cells and increased macrophages were found in HCCs from patients with high CRGs risk score. As one of the four CRGs, higher expression of dihydrolipoamide S-acetyltransferase (DLAT) was accompanied by higher expression of program death ligand 1 (PD-L1) in HCC. Further, we confirmed that DLAT was up-regulated and correlated with poor prognosis in a clinical HCC cohort. Conclusion: In conclusion, our study constructed a four CRGs signature prognostic model and identified DLAT as an independent prognostic factor for HCC, thus providing new clues for understanding the association between cuproptosis and HCC. World J Oncol. 2022;13(5):299-310 doi: https://doi.org/10.14740/wjon1529
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».