EV‐ADD, a database for EV‐associated DNA in human liquid biopsy samples
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Extracellular vesicles (EVs) play a key role in cellular communication both in physiological conditions and in pathologies such as cancer. Emerging evidence has shown that EVs are active carriers of molecular cargo (e.g. protein and nucleic acids) and a powerful source of biomarkers and targets. While recent studies on EV-associated DNA (EV-DNA) in human biofluids have generated a large amount of data, there is currently no database that catalogues information on EV-DNA. To fill this gap, we have manually curated a database of EV-DNA data derived from human biofluids (liquid biopsy) and in-vitro studies, called the Extracellular Vesicle-Associated DNA Database (EV-ADD). This database contains validated experimental details and data extracted from peer-reviewed published literature. It can be easily queried to search for EV isolation methods and characterization, EV-DNA isolation techniques, quality validation, DNA fragment size, volume of starting material, gene names and disease context. Currently, our database contains samples representing 23 diseases, with 13 different types of EV isolation techniques applied on eight different human biofluids (e.g. blood, saliva). In addition, EV-ADD encompasses EV-DNA data both representing the whole genome and specifically including oncogenes, such as KRAS, EGFR, BRAF, MYC, and mitochondrial DNA (mtDNA). An EV-ADD data metric system was also integrated to assign a compliancy score to the MISEV guidelines based on experimental parameters reported in each study. While currently available databases document the presence of proteins, lipids, RNA and metabolites in EVs (e.g. Vesiclepedia, ExoCarta, ExoBCD, EVpedia, and EV-TRACK), to the best of our knowledge, EV-ADD is the first of its kind to compile all available EV-DNA datasets derived from human biofluid samples. We believe that this database provides an important reference resource on EV-DNA-based liquid biopsy research, serving as a learning tool and to showcase the latest developments in the EV-DNA field. EV-ADD will be updated yearly as newly published EV-DNA data becomes available and it is freely available at www.evdnadatabase.com.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle