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Enregistrement W4307255791 · doi:10.1101/2022.10.21.513146

Molecular early burst associated with the diversification of birds at the K–Pg boundary

2022· preprint· en· W4307255791 sur OpenAlexaff
Jacob S. Berv, Sonal Singhal, Daniel J. Field, Nathanael Walker‐Hale, Sean W. McHugh, J. Ryan Shipley, Eliot T. Miller, Rebecca T. Kimball, Edward L. Braun, Alex Dornburg, C. Tomomi Parins-Fukuchi, Richard O. Prum, Benjamin M. Winger, Matt Friedman, Stephen A. Smith

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineEarth and Planetary Sciences
ThématiqueEvolution and Paleontology Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesFaculty of Arts and SciencesUniversity of MichiganYale UniversityUK Research and InnovationNational Science Foundation
Mots-clésExtinction eventEvolutionary biologyBiologyCladePhylogeneticsVertebrateExtinction (optical mineralogy)Phylogenetic treeBody planPaleontologyGeneticsGeneBiological dispersal

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Complex patterns of genome and life-history evolution associated with the end-Cretaceous (K– Pg) mass extinction event limit our understanding of the early evolutionary history of crown group birds [1-9]. Here, we assess molecular heterogeneity across living birds using a technique enabling inferred sequence substitution models to transition across the history of a clade [10]. Our approach identifies distinct and contrasting regimes of molecular evolution across exons, introns, untranslated regions, and mitochondrial genomes. Up to fifteen shifts in the mode of avian molecular evolution map to rapidly diversifying clades near the Cretaceous-Palaeogene boundary, demonstrating a burst of genomic disparity early in the evolutionary history of crown birds [11-13]. Using simulation and machine learning techniques, we show that shifts in developmental mode [14] or adult body mass [4] best explain transitions in the mode of nucleotide substitution. These patterns are related, in turn, to macroevolutionary shifts in the allometric scaling relationship between basal metabolic rate and body mass [15, 16]. In agreement with theoretical predictions, this scaling relationship appears to have weakened across the end-Cretaceous transition. Overall, our study provides evidence that the Chicxulub bolide impact [17] triggered integrated patterns of evolution across avian genomes, physiology, and life history that structured the evolutionary potential of modern birds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,724

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,196
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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