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Enregistrement W4307341701 · doi:10.15252/emmm.202216283

A high‐resolution 3D atlas of the spectrum of tuberculous and COVID‐19 lung lesions

2022· article· en· W4307341701 sur OpenAlexaff
G.A. Wells, Joel N. Glasgow, Kievershen Nargan, Kapongo Lumamba, Rajhmun Madansein, Kameel Maharaj, Leon Y Perumal, Malcolm Matthew, Robert L. Hunter, Hayden T. Pacl, J.E. Peabody Lever, D. Stanford, Satinder P. Singh, Prachi Bajpai, Upender Manne, Paul Benson, Steven M. Rowe, S. Roux, Alex Sigal, Muofhe Tshibalanganda, Carlyn Wells, Anton du Plessis, Mpumelelo Msimang, Threnesan Naidoo, Adrie J. C. Steyn

Notice bibliographique

RevueEMBO Molecular Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCOVID-19 diagnosis using AI
Établissements canadiensObject Research Systems (Canada)
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesCenter for AIDS Research, University of Alabama at BirminghamSouth African Medical Research CouncilNational Research FoundationNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesBill and Melinda Gates FoundationCRDF GlobalCystic Fibrosis Foundation
Mots-clésLungCoronavirus disease 2019 (COVID-19)PathologyLesionContext (archaeology)PathologicalMedicineBiologyInfectious disease (medical specialty)Disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Our current understanding of the spectrum of TB and COVID‐19 lesions in the human lung is limited by a reliance on low‐resolution imaging platforms that cannot provide accurate 3D representations of lesion types within the context of the whole lung. To characterize TB and COVID‐19 lesions in 3D, we applied micro/nanocomputed tomography to surgically resected, postmortem, and paraffin‐embedded human lung tissue. We define a spectrum of TB pathologies, including cavitary lesions, calcium deposits outside and inside necrotic granulomas and mycetomas, and vascular rearrangement. We identified an unusual spatial arrangement of vasculature within an entire COVID‐19 lobe, and 3D segmentation of blood vessels revealed microangiopathy associated with hemorrhage. Notably, segmentation of pathological anomalies reveals hidden pathological structures that might otherwise be disregarded, demonstrating a powerful method to visualize pathologies in 3D in TB lung tissue and whole COVID‐19 lobes. These findings provide unexpected new insight into the spatial organization of the spectrum of TB and COVID‐19 lesions within the framework of the entire lung. 3D X‐ray microscopy (micro‐Computed Tomography) was used to establish an initial atlas of TB and COVID‐19 lung lesion types in the human lung. 3D X‐ray microscopy (micro‐Computed Tomography) was used to establish an initial atlas of TB and COVID‐19 lung lesion types in the human lung.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,634
Score d'incertitude au seuil0,628

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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