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Enregistrement W4307456117 · doi:10.1101/2022.10.17.512596

Identification of Aryl Hydrocarbon Receptor as a Barrier to HIV-1 Infection and Outgrowth in CD4 <sup>+</sup> T-Cells

2022· preprint· en· W4307456117 sur OpenAlexafffund
Debashree Chatterjee, Yuwei Zhang, Tomas Raul Wiche Salinas, Christ-Dominique Ngassaki-Yoka, Huicheng Chen, Yasmine Smail, Jean-Philippe Goulet, Brendan Bell, Jean‐Pierre Routy, Petronela Ancuța

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensMcGill University Health CentreUniversité de SherbrookeUniversité de MontréalCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCanadian Foundation for AIDS ResearchFondation du CHUM
Mots-clésAryl hydrocarbon receptorViral replicationBiologyTranscription factorImmunologyCell biologyCancer researchGeneGeneticsVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT The Aryl hydrocarbon receptor (AhR) identifies “ non-pathogenic ” Th17-polarized CD4 + T-cells in autoimmune models. Thus, we explored whether AhR restricts HIV-1 in Th17-cells, consistent with its antiviral role in macrophages. AhR-specific CRISPR/Cas9-mediated knockout and pharmacological blockade decreased AhR target gene expression (CYP1A1/IL-22/IL-17A/IL-10/ ITGB7), while increasing HIV-1 replication in CD4 + T-cells. Pharmacological AhR activation caused opposite effects. AhR agonism/antagonism modulated HIV-1 replication mainly in Th17/Th22-polarized CCR6 + CD4 + T-cells. Single-round VSV-G-pseudotyped HIV-1 infection demonstrated that AhR acts at post-entry levels, with AhR blockade increasing the efficacy of early/late reverse transcription steps and subsequently integration/translation. In viral outgrowth assay, the AhR blockade boosted the detection of replication-competent viral reservoirs in CD4 + T-cells of people living with HIV-1 (PLWH) receiving antiretroviral therapy (ART). Finally, RNA-Sequencing revealed genes/pathways modulated by AhR blockade in CD4 + T-cells of ART-treated PLWH, with known HIV-1 interactor activities (NCBI HIV Interactor Database) and AhR responsive elements in their promoters (ENCODE). Among them, HIC1, a repressor of Tat-mediated HIV-1 transcription and a tissue-residency inducer, represents a putative AhR mechanism of action. These results demonstrate that AhR governs an antiviral transcriptional program in CD4 + T-cells and point to the use of AhR inhibitors to boost viral outgrowth in “ shock and kill ” HIV-1 remission/cure strategies. Model of AhR-mediated transcriptional reprogramming with implications for “ silent ” HIV-1 reservoir persistence and gut homing/residency. RNA-Sequencing revealed genes sets modulated by AhR blockade in CD4 + T-cells of ART-treated PLWH, with known HIV-1 interactor activities (NCBI HIV Interactor Database) and AhR responsive elements in their promoters (ENCODE). Among them, HIC1, a repressor of Tat-mediated HIV-1 transcription and a tissue-residency regulator, represents a putative AhR mechanism of action. These results support a model in which AhR activation favors the gut homing and residency via the induction of ITGB7 and CXCR6 expression, respectively, and fuels the persistence of ‘ silent ” HIV-1 reservoirs in CD4 + T-cells of ART-treated PLWH. At the opposite, pharmacological AhR blockade facilitates viral outgrowth, and by interfering with tissue residency, likely promotes the mobilization of « reactivated » reservoir cells from deep tissues into the circulations. BRIEF SUMMARY We identified the aryl hydrocarbon receptor as a barrier to HIV-1 infection/outgrowth in Th17-polarized CD4 + T-cells and a novel therapeutic target in HIV-1 cure/remission interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission2
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