Identification and validation of genetic signature associated with aging in chronic obstructive pulmonary disease
Notice bibliographique
Résumé
Aging plays an essential role in the development for chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The aim of this study was to identify and validate the potential aging-related genes of COPD through bioinformatics analysis and experimental validation. Firstly, we compared the gene expression profiles of aged and young COPD patients using two datasets (GSE76925 and GSE47460) from Gene Expression Omnibus (GEO), and identified 244 aging-related different expressed genes (DEGs), with 132 up-regulated and 112 down-regulated. Then, by analyzing the data for cigarette smoke-induced COPD mouse model (GSE125521), a total of 783 DEGs were identified between aged and young COPD mice, with 402 genes increased and 381 genes decreased. Additionally, functional enrichment analysis revealed that these DEGs were actively involved in COPD-related biological processes and function pathways. Meanwhile, six genes were identified as the core aging-related genes in COPD after combining the human DEGs and mouse DEGs. Eventually, five out of six core genes were validated to be up-regulated in the lung tissues collected from aged COPD patients than young COPD patients, namely NKG7, CKLF, LRP4, GDPD3 and CXCL9. Thereinto, the expressions of NKG7 and CKLF were negatively associated with lung function. These results may expand the understanding for aging in COPD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».