Isolation, Characterization, and Genome Analysis of a Novel Bacteriophage, Escherichia Phage vB_EcoM-4HA13, Representing a New Phage Genus in the Novel Phage Family Chaseviridae
Notice bibliographique
Résumé
Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is one of the leading causes of foodborne illnesses in North America and can lead to severe symptoms, with increased fatality risk for young children. While E. coli O157:H7 remains the dominant STEC serotype associated with foodborne outbreaks, there has been an increasing number of non-O157 STEC outbreaks in recent years. For the food industry, lytic bacteriophages offer an organic, self-limiting alternative to pathogen reduction—one that could replace or reduce the use of chemical and physical food processing methods. From EHEC-enriched sewage, we isolated a novel bacteriophage, vB_EcoM-4HA13 (4HA13). Phenotypic characterizations revealed 4HA13 to possess a myoviral morphotype, with a high specificity to non-motile O111 serotype, and a long latent period (90 min). Through genomic analyses, this 52,401-bp dsDNA phage was found to contain 81 CDS, but no detectable presence of antibiotic resistance, integrase, or virulence genes. A BLASTn search for each of the identified 81 CDS yielded homologues with low levels of similarity. Comparison of RNA polymerase and terminase large subunit amino acid sequences led to the proposal and acceptance of a new bacteriophage family, Chaseviridae, with 4HA13 representing a new species and genus. The discovery of this phage has broadened our current knowledge of bacteriophage diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».