Structural variations in the phytoene synthase 1 gene affect carotenoid accumulation in tomato fruits and result in bicolor and yellow phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Tomato fruits normally accumulate large amounts of the red pigment lycopene in their chromoplasts. Some tomato cultivars ( Solanum lycopersicum ) show however distinct phenotypes, from a pure yellow hue to bicolor fruits with red and yellow sections. In this study, we show that alleles of the phytoene synthase 1 gene (PSY1), the first gene of carotenoid synthesis pathway, are responsible for the yellow, but also the bicolor phenotype. Introgression lines with the PSY1 allele from the green-fruited species S. habrochaites express less the enzyme, resulting in a bicolor phenotype. On the other hand, in tomato bicolor cultivars, the same coloration pattern is caused by a 3789 bp-deletion in the promoter region of PSY1 . Since the deletion contains part of the 5’UTR region of PSY1 , translation efficiency is likely decreased resulting in a reduction of lycopene accumulation. Furthermore, we identified that the yellow r y phenotype is caused by a duplication and an inversion implicating PSY1 and the downstream neighbor gene. The genomic rearrangement change the end of PSY1 amino acid sequence. The fruits of yellow r y cultivars are still able in certain conditions to accumulate lycopene near the blossom-end of the fruit, though to a lesser extent than in bicolor cultivars. In contrast, fruits of the yellow r cultivars never present fleshy red sections. These cultivars have an insertion of a single long terminal repeat from the Rider transposon in the first exon of PSY1 resulting in a non-functional protein. These results demonstrate how multiple phenotypes can arise from structural variations in a key gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».