Extremely divergent <scp>COI</scp> sequences within an amphipod species complex: A possible role for endosymbionts?
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Some heritable endosymbionts can affect host mtDNA evolution in various ways. Amphipods host diverse endosymbionts, but whether their mtDNA has been influenced by these endosymbionts has yet to be considered. Here, we investigated the role of endosymbionts (microsporidians and Rickettsia) in explaining highly divergent COI sequences in Paracalliope fluviatilis species complex, the most common freshwater amphipods in New Zealand. We first contrasted phylogeographic patterns using COI, ITS, and 28S sequences. While molecular species delimitation methods based on 28S sequences supported 3–4 potential species (N, C, SA, and SB) among freshwater lineages, COI sequences supported 17–27 putative species reflecting high inter‐population divergence. The deep divergence between NC and S lineages (~20%; 28S) and the substitution saturation on the 3rd codon position of COI detected even within one lineage (SA) indicate a very high level of morphological stasis. Interestingly, individuals infected and uninfected by Rickettsia comprised divergent COI lineages in one of four populations tested, suggesting a potential influence of endosymbionts in mtDNA patterns. We propose several plausible explanations for divergent COI lineages, although they would need further testing with multiple lines of evidence. Lastly, due to common morphological stasis and the presence of endosymbionts, phylogeographic patterns of amphipods based on mtDNA should be interpreted with caution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».