Analyzing some concepts of immune regulation of the last three decades: Fostering greater research resilience despite the information overload. A personal view
Notice bibliographique
Résumé
There is considerable interest in whether increased investment in science, made by society, pays dividends. Some plausibly argue the increased rate of production of information results in an ossification of the canon. Reports, challenging the canon, fall by the wayside. The field thus becomes increasingly complex, reflecting not so much the reality of nature but how we investigate the subject. I suggest that focusing on and resolving the paradoxes evident within a canon will free the logjam, resulting in more resilient research. Immunology is among the fastest growing of biological sciences and is, I suggest, an appropriate case study. I examine the commonly accepted frameworks employed over the last three decades to address two major, related immunological questions: what determines whether antigen activates or inactivates CD4 T cells, and so whether immune responses are initiated or this potential ablated; secondly, what determines the Th subset to which the activated Th cells belong, thus determining the class of immunity generated. I show there are major paradoxes within these frameworks, neglected for decades. I propose how research focused on resolving paradoxes can be better fostered, and so support the evolution of the canon. This perspective is pertinent in facing critical issues on how immune responses are regulated, and to more general issues of both the philosophy of science and of science policy.The last section is in response to questions and comments of the reviewers. It brings together several considerations to express my view: the same frameworks, formulated in response to the two questions, are useful in understanding the regulation of the immune response against model antigens, against self and foreign antigens, those of tumors and of pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,041 | 0,059 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,025 |
| Communication savante | 0,013 | 0,025 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».