Identification of Candidate Salivary, Urinary and Serum Metabolic Biomarkers for High Litter Size Potential in Sows (Sus scrofa)
Notice bibliographique
Résumé
The selection of sows that are reproductively fit and produce large litters of piglets is imperative for success in the pork industry. Currently, low heritability of reproductive and litter-related traits and unfavourable genetic correlations are slowing the improvement of pig selection efficiency. The integration of biomarkers as a supplement or alternative to the use of genetic markers may permit the optimization and increase of selection protocol efficiency. Metabolite biomarkers are an advantageous class of biomarkers that can facilitate the identification of cellular processes implicated in reproductive condition. Metabolism and metabolic biomarkers have been previously implicated in studies of female mammalian fertility, however a systematic analysis across multiple biofluids in infertile and high reproductive potential phenotypes has not been explored. In the current study, the serum, urinary and salivary metabolomes of infertile (INF) sows and high reproductive potential (HRP) sows with a live litter size ≥ 13 piglets were examined using LC-MS/MS techniques, and a data pipeline was used to highlight possible metabolite reproductive biomarkers discriminating the reproductive groups. The metabolomes of HRP and INF sows were distinct, including significant alterations in amino acid, fatty acid, membrane lipid and steroid hormone metabolism. Carnitines and fatty acid related metabolites were most discriminatory in separating and classifying the HRP and INF sows based on their biofluid metabolome. It appears that urine is a superior biofluid than saliva and serum for potentially predicting the reproductive potential level of a given female pig based on the performance of the resultant biomarker models. This study lays the groundwork for improving gilt and sow selection protocols using metabolomics as a tool for the prediction of reproductive potential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».