A circulating proteome-informed prognostic model of COVID-19 disease activity that relies on routinely available clinical laboratories
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A minority of people infected with SARS-CoV-2 will develop severe COVID-19 disease. To help physicians predict who is more likely to require admission to ICU, we conducted an unsupervised stratification of the circulating proteome that identified six endophenotypes (EPs) among 731 SARS-CoV-2 PCR-positive hospitalized participants in the Biobanque Québécoise de la COVID-19, with varying degrees of disease severity and times to intensive care unit (ICU) admission. One endophenotype, EP6, was associated with a greater proportion of ICU admission, ventilation support, acute respiratory distress syndrome (ARDS) and death. Clinical features of EP6 included increased levels of C-reactive protein, D-dimers, interleukin-6, ferritin, soluble fms-like tyrosine kinase-1, elevated neutrophils, and depleted lymphocytes, whereas another endophenotype (EP5) was associated with cardiovascular complications, congruent with elevated blood biomarkers of cardiovascular disease like N-terminal pro B-type natriuretic peptide (NT-proBNP), Growth Differentiation Factor-15 (GDF-15), and Troponin T. Importantly, a prognostic model solely based on clinical laboratory measurements was developed and validated on 903 patients that generalizes the EPs to new patients recruited across all pandemic waves (2020-2022) and create new opportunities for automated identification of high-risk groups in the clinic. Thus, this novel way to address pathogenesis that leverages detailed phenotypic information but relies on routinely available information in the clinic to favor translation may find applications in other diseases beyond COVID-19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».