Global Spread Dynamics and Intrinsic Evolutionary Dynamics of Apple Chlorotic Leaf Spot Virus Whole-Genome Sequences over the Last 30 Years
Notice bibliographique
Résumé
Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV; genus Trichovirus) is an economically important virus. Approximately 101 ACLSV whole-genome sequences were obtained from NCBI and used to explore the evolutionary dynamics of ACLSV. The time to the most recent common ancestor of ACLSV based on BEAST analysis appeared on an apple host from Canada in 1918 and then spread around the world in three ways concurrent with host spread. The maximum clade credibility tree of ACLSV shows that the mean evolution rate was 4.92 × 10−4 substitutions per site per year (subs/site/year), and we found that, during host evolution, the rate of evolution was mostly 2.31 × 10−4 to 2.72 × 10−4 subs/site/year. The rate of geographic evolution was 5.51 × 10−4 to 6.17 × 10−4 subs/site/year. To further explore the intrinsic changes in ACLSV during the process of geographic and host spread, we explored the secondary structural changes of the ACLSV coat protein (CP), which were mainly concentrated in four regions—20 to 40, 70 to 90, 120 to 140, and 180 to 193—which are related to the presence or absence and change in length of the β-turn, β strand, coil, and α helix, respectively. We then explored the codon usage preference within the CP across the migration pathways of ACLSV. These comprehensive analyses not only reveal the changes in ACLSV in the last 30 years but also further elucidate the intrinsic evolutionary dynamics of ACLSV. This is also the first report on the intrinsic evolutionary dynamics of ACLSV.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».