Detection of brook trout in spatiotemporally separate locations using validated eDNA technology
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Brook trout are a species of conservation concern in Southwestern Ontario, Canada, and effective monitoring of their populations is crucial for making informed management decisions. Electrofishing is a traditional, yet invasive, method that allows for fish abundance estimation. Environmental DNA (eDNA) is an emerging molecular tool that presents a non-invasive alternative to electrofishing. This study was a collaborative effort between researchers in academia, industry, and an NGO, with the following objectives: 1) compare eDNA detections with electrofishing when monitoring brook trout populations in a site of known occupancy, 2) compare existing eDNA collection methods, and 3) extend eDNA surveys to regions of unknown occupancy that could be of conservation concern (Hanlon Creek and Twelve Mile Creek, Ontario). First, eDNA sampling methods were validated with standard electrofishing. Water samples were filtered in tandem at each site using two commercially available eDNA samplers. The results suggest a significant difference in total eDNA capture and incidence of PCR inhibitors between the two autosamplers. Brook trout eDNA was detected at all locations in Hanlon Creek in September and November, as well as 5/6 sampling locations in Twelve Mile Creek. Brook trout signal in Hanlon Creek was stronger in November compared to September 2019, suggesting possible spawning activity. Brook trout eDNA was also detected in Twelve Mile Creek where brook trout were previously unreported. This study provides a technical validation for the use of eDNA in brook trout monitoring and illustrates the opportunity to use eDNA surveys in regulated settings to complement and improve conventional biomonitoring methods for the management of elusive species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».