Alterations in intestinal Proteobacteria and antimicrobial resistance gene burden in individuals administered microbial ecosystem therapeutic (MET-2) for recurrent <i>Clostridioides difficile</i> infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Intestinal colonisation with pathogens and antimicrobial resistant organisms (AROs) is associated with increased risk of infection. Fecal microbiota transplant (FMT) has successfully been used to cure recurrent Clostridioides difficile infection (rCDI) and to decolonise intestinal AROs. However, FMT has significant practical barriers to implementation. A microbial consortium, microbial ecosystem therapeutic (MET)-2, is an alternative to FMT for the treatment of rCDI. It is unknown whether MET-2 is associated with decreases in pathogens and antimicrobial resistance genes (ARGs). We conducted a post-hoc metagenomic analysis of stool collected from two interventional studies of MET-2 (published) and FMT (unpublished) for rCDI treatment to understand if MET-2 had similar effects to FMT for decreasing pathogens and ARGs as well as increasing anaerobes. Patients were included in the current study if baseline stool had Proteobacteria relative abundance ≥10% by metagenomic sequencing. We assessed pre- and post-treatment Proteobacteria, obligate anaerobe and butyrate-producer relative abundances and total ARGs. MET-2 and FMT were associated with decreases in Proteobacteria relative abundance as well as increases in obligate anaerobe and butyrate-producer relative abundances. The microbiota response remained stable over 4 or 6 months for MET-2 and FMT, respectively. MET-2, but not FMT, was associated with a decrease in the total number of ARGs. MET-2 is a potential therapeutic strategy for ARO/ARG decolonisation and anaerobe repletion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».