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Enregistrement W4308603194 · doi:10.17504/protocols.io.4r3l277z3g1y/v1

RealTimePCR-Protocol-miRNA-SCALONMC v1

2022· preprint· en· W4308603194 sur OpenAlexaff
Marcela Scalon

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicroRNA in disease regulation
Établissements canadiensUniversity of Regina
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTaqManmicroRNAReal-time polymerase chain reactionProtocol (science)Primer (cosmetics)Computational biologyBiologyMolecular biologyChemistryGeneticsMedicineGenePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This protocol is intended as a guideline to perform the Real Time PCR (qPCR or rtPCR) procedure to detect and quantify miRNAs. This method use TaqMan® MicroRNA Assays and Applied Biosystems real-time PCR instruments. The assays are preformulated primer and probe sets designed to detect and quantify miRNAs, and can detect and quantify small RNA in 1 to 10 ng of total RNA with a dynamic range of greater than six logs. This protocol works on detecting miRNA from samples that were purified from plasma and serum. The amplified products of the RT procedure must be stored − 15 to − 25 °C, if not used immediately for rtPCR. The aim of this protocol is to use a sequence- specific TaqMan® assay to accurately detect miRNAs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,097
Score d'incertitude au seuil0,326

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0050,005
Méta-épidémiologie (sens large)0,0060,003
Bibliométrie0,0050,003
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0050,003
Intégrité de la recherche0,0030,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0970,125

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,305
Écart entre enseignants0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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