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Enregistrement W4308607464 · doi:10.1038/s41598-022-21448-1

Genomic analysis of early-stage lung cancer reveals a role for TP53 mutations in distant metastasis

2022· article· en· W4308607464 sur OpenAlexaff
Debra Van Egeren, Khushi Kohli, Jeremy L. Warner, Philippe L. Bédard, Gregory J. Riely, Eva M. Lepisto, Deborah Schrag, Michele L. Lenoue-Newton, Paul J. Catalano, Kenneth L. Kehl, Franziska Michor, Michael V. Fiandalo, Margaret Foti, Yekaterina B. Khotskaya, Jocelyn Lee, Nicole Peters, Shawn M. Sweeney, Jean Abraham, James D. Brenton, Carlos Caldas, Gary J. Doherty, Birgit Nimmervoll, Karen Pinilla, Jose‐Ezequiel Martín, Oscar M. Rueda, Stephen‐John Sammut, Dilrini De Silva, Ka–Jia Cao, Allison P. Heath, Marilyn M. Li, Jena Lilly, Suzanne P. MacFarland, John M. Maris, Jennifer L. Mason, Allison M. Morgan, Adam Resnick, Mark Welsh, Yuankun Zhu, Bruce E. Johnson, Yvonne Li, Lynette M. Sholl, Ron Beaudoin, Roshni Biswas, Ethan Cerami, Oya Cushing, Deepa Dand, Matthew D. Ducar, Alexander Gusev, William C. Hahn, Kevin M. Haigis, Michael J. Hassett, Katherine A. Janeway, Pasi A. Jänne, Arundhati Jawale, Jason M. Johnson, Priti Kumari, Valerie Laucks, Neal I. Lindeman, James Lindsay, Amanda Lueders, Laura E. MacConaill, Monica Manam, Tali Mazor, Diana Miller, Ashley Newcomb, John A. Orechia, Andrea Ovalle, Asha Postle, Daniel M. Quinn, Brendan Reardon, Barrett J. Rollins, Priyanka Shivdasani, Angela C. Tramontano, Eliezer M. Van Allen, Stephen C. Van Nostrand, Jonathan L. Bell, Michael Datto, Michelle Green, Chris Hubbard, Shannon J. McCall, Niharika B. Mettu, John H. Strickler, Fabrice André, Benjamin Besse, Marc Deloger, Semih Doğan, Antoîne Italiano, Yohann Loriot, Lacroix Ludovic, Stefan Michels, Jean Scoazec, Alicia Tran-Dien, Gilles Vassal, Christopher E. Freeman, Susan J. Hsiao, Matthew Ingham, Jiuhong Pang, Raúl Rabadán, Lira Camille Roman, Richard D. Carvajal, Raymond N. DuBois, Maria E. Arcila, Ryma Benayed, Michael F. Berger, Marufur Bhuiya, A. Rose Brannon, Samantha Brown, Debyani Chakravarty, Cynthia Chu, Ino de Bruijn, Jesse Galle, Jianjiong Gao, Stuart M. Gardos, Benjamin Groß, Ritika Kundra, Andrew L. Kung, Marc Ladanyi, Jessica A. Lavery, Xiang Li, Aaron Lisman, Brooke Mastrogiacomo, Caroline G. McCarthy, Chelsea Nichols, Angelica Ochoa, Katherine S. Panageas, John Philip, Shirin Pillai, Hira Rizvi, Julia E. Rudolph, Charles L. Sawyers, Nikolaus Schultz, J. Schwartz, Robert P. Sheridan, David B. Solit, Avery Wang, Manda Wilson, Ahmet Zehir, Hongxin Zhang, Gaofei Zhao, Lailah Ahmed, Jeffrey P. Bruce, Helen Chow, Sophie Cooke, Samantha Del Rossi, Sam Felicen, Sevan Hakgor, Prasanna Jagannathan, Suzanne Kamel‐Reid, Geeta Krishna, Natasha B. Leighl, Zhibin Lu, Alisha Nguyen, Leslie E. Oldfield, Demi Plagianakos, Trevor J. Pugh, Alisha Rizvi, Peter Sabatini, Elizabeth Shah, Nitthusha Singaravelan, Lillian L. Siu, Gunjan Srivastava, Natalie Stickle, Tracy Stockley, Marian Tang, Carlos Virtaenen, Stuart Watt, Celeste Yu, Brady Bernard, Carlo Bifulco, Julie Cramer, Soohee Lee, Brian Piening, Sheila M. Reynolds, Joseph Slagel, Paul Tittel, Walter J. Urba, Jake VanCampen, Roshanthi Weerasinghe, Alyssa Acebedo, Justin Guinney, Xindi Guo, Haley Hunter-Zinck, Thomas Yu, Kristen K. Dang, Valsamo Anagnostou, Alexander S. Baras, Julie R. Brahmer, Christopher D. Gocke, Robert B. Scharpf, Jessica J. Tao, Victor E. Velculescu, Shlece Alexander, Neil A. Bailey, Philip W. Gold, Mariska Bierkens, J. de Graaf, Jan Hudeček, Gerrit A. Meijer, Kim Monkhorst, Kris G. Samsom, Joyce Sanders, Gabe S. Sonke, Jelle ten Hoeve, Tony van de Velde, José van den Berg, Emile E. Voest, George F. Steinhardt, Sabah Kadri, Wanjari Pankhuri, Peng Wang, Jeremy P. Segal, Christine Moung, Carlos Espinosa-Mendez, Henry J. Martell, Courtney Onodera, Ana Quintanar Alfaro, E. Alejandro Sweet‐Cordero, Eric Talevich, Michelle L. Turski, Laura van’t Veer, Amanda Wren, Rodrigo Dienstmann, Francesco M. Mancuso, Paolo Nucíforo, Josep Tabernero, Cristina Viaplana, Ana Vivancos, Ingrid Anderson, Sandip Chaugai, Joseph Coco, Daniel Fabbri, Doug Johnson, Leigh F. Jones, Xuanyi Li, Christine M. Lovly, Sanjay Mishra, Kathleen F. Mittendorf, Wen Li, Yuanchu James Yang, Chen Ye, Marilyn Holt, Christine Micheel, Ben Ho Park, Samuel M. Rubinstein, Thomas Stricker, Lucy Lu Wang, Meijian Guan, Guangxu Jin, Liang Liu, Ümit Topaloĝlu, Cetin Urtis, Wei Zhang, Michael D’Eletto, Stephen Hutchison, Janina A. Longtine, Zenta Walther

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLung Cancer Treatments and Mutations
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteAmerican Association for Cancer Research
Mots-clésMetastasisStage (stratigraphy)Lung cancerDistant metastasisOncologyMedicineInternal medicineCancerBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) who have distant metastases have a poor prognosis. To determine which genomic factors of the primary tumor are associated with metastasis, we analyzed data from 759 patients originally diagnosed with stage I-III NSCLC as part of the AACR Project GENIE Biopharma Collaborative consortium. We found that TP53 mutations were significantly associated with the development of new distant metastases. TP53 mutations were also more prevalent in patients with a history of smoking, suggesting that these patients may be at increased risk for distant metastasis. Our results suggest that additional investigation of the optimal management of patients with early-stage NSCLC harboring TP53 mutations at diagnosis is warranted in light of their higher likelihood of developing new distant metastases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,350
Écart entre enseignants0,332 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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