Hypoxia-Inducible Factor-2-Altered Urothelial Carcinoma: Clinical and Genomic Features
Notice bibliographique
Résumé
Background: Hypoxia is recognized as a key feature of cancer growth and is involved in various cellular processes, including proliferation, angiogenesis, and immune surveillance. Besides hypoxia-inducible factor 1-alpha (HIF-1α), which is the main mediator of hypoxia effects and can also be activated under normoxic conditions, little is known about its counterpart, HIF-2. This study focused on investigating the clinical and molecular landscape of HIF-2-altered urothelial carcinoma (UC). Methods: Publicly available next-generation sequencing (NGS) data from muscle-invasive UC cell lines and patient tumor samples from the MSK/TCGA 2020 cohort (n = 476) were interrogated for the level of expression (mRNA, protein) and presence of mutations, copy number variations, structural variants in the EPAS1 gene encoding HIF-2, and findings among various clinical (stage, grade, progression-free and overall survival) and molecular (tumor mutational burden, enriched gene expression) parameters were compared between altered and unaltered tumors. Results: 19% (7/37) of UC cell lines and 7% (27/380) of patients with muscle-invasive UC display high EPAS1 mRNA and protein expression or/and EPAS1 alterations. EPAS1-altered tumors are associated with higher stage, grade, and lymph node metastasis as well as with shorter PFS (14 vs. 51 months, q = 0.01) and OS (15 vs. 55 months, q = 0.01). EPAS1 mRNA expression is directly correlated with that of its target-genes, including VEGF, FLT1, KDR, DLL4, CDH5, ANGPT1 (q < 0.001). While there is a slightly higher tumor mutational burden in EPAS1-altered tumors (9.9 vs. 4.9 mut/Mb), they are enriched in and associated with genes promoting immune evasion, including ARID5B, SPINT1, AAK1, CLIC3, SORT1, SASH1, and FGFR3, respectively (q < 0.001). Conclusions: HIF-2-altered UC has an aggressive clinical and a distinct genomic and immunogenomic profile enriched in angiogenesis- and immune evasion-promoting genes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».