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Enregistrement W4309015237 · doi:10.1093/neuonc/noac209.133

STEM-16. MACROH2A2 REPRESSES AN EPIGENETIC SELF-RENEWAL NETWORK IN GLIOBLASTOMA STEM CELLS

2022· article· en· W4309015237 sur OpenAlexaff
Ana Nikolić, Anna Bobyn, Francesca Maule, Katrina Ellestad, Seungil Paik, Sajid A. Marhon, Parinaz Mehdipour, Xuequng Lun, Michael J. Johnston, Christopher Gafiuk, Franz J. Zemp, Yaoqing Shen, Nicoletta Ninkovic, Elodie Labit, N. Daniel Berger, Duncan K. Brownsey, John J. Kelly, Jeff Biernaskie, Peter B. Dirks, Darren J. Derksen, Steven J.M. Jones, Donna L. Senger, Jennifer A. Chan, Douglas J. Mahoney, Daniel D. De Carvalho, Marco Gallo

Notice bibliographique

RevueNeuro-Oncology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalHospital for Sick ChildrenCanada's Michael Smith Genome Sciences CentrePrincess Margaret Cancer CentreMcGill UniversityUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEpigeneticsPsychological repressionBiologyGene knockdownStem cellChromatinCancer researchPhenotypeDownregulation and upregulationHistoneRepressorGlioblastomaIRF4EnhancerCell biologyGene expressionGeneGeneticsTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Glioblastoma is a highly malignant tumour driven by a subset of self-renewing cells termed glioblastoma stem cells. This self-renewal phenotype is largely epigenetically driven, however, the exact epigenetic mechanisms underpinning it are poorly understood. We found that the histone variant macroH2A2 is repressed in a subset of glioblastoma tumours, and that this repression is associated with poorer survival. We interrogate the function of macroH2A2 using in vitro and in vivo patient-derived models. We show that macroH2A2 antagonizes self-renewal and expression of NPC and OPC-like markers, and rewires accessible chromatin by maintaining accessibility at a subset of enhancer elements. We identify small molecules that can upregulate macroH2A2 expression, and find that treatment with a small molecule reduces self-renewal, induces interferon sensitive genes, and a viral mimicry response, effects which are abolished by macroH2A2 knockdown. In summary, we identify macroH2A2 as a repressor of self-renewal in glioblastoma and suggest it may be a novel biomarker and potential marker of therapeutic susceptibility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
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