PATH-28. DIFFERENCES IN METHYLATION PROFILES BETWEEN LONG-TERM SURVIVORS AND SHORT-TERM SURVIVORS OF IDH WILD-TYPE GLIOBLASTOMA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract INTRODUCTION Patients with glioblastomas (GBM) have an overall survival (OS) of approximately 15 months. However, approximately 5% of patients survive much longer, with an OS of > 5 years. This study examines the differences in methylation profiles between long-term survivors ( > 5 years, LTS) and short-term survivors (< 1 year, STS) with an isocitrate dehydrogenase (IDH) wild-type GBM. METHODS In a multicenter retrospective analysis, we identified 25 long-term survivors with a histologically confirmed GBM. These were age and sex-matched to a short-term survivor. The methylation profiles of all 50 samples were analyzed with EPIC 850k, classified according to the DKFZ methylation classifier, and the methylation profiles of all IDH wild-type LTS vs STS were compared. RESULTS After methylation profiling, 16/25 LTS and 23/25 STS were confirmed to be IDH wild-type GBMs, all with copy number gains of chromosome 7 and loss of chromosome 10. There were no significant differences between tumour purity or GBM subtype between LTS and STS. LTS had significantly increased MGMT promoter methylation (p = 0.01), and higher FGFR3-TACC3 (p = 0.03), compared to STS. STS had significantly more often a CDKN2A/B loss (p = 0.01) and higher levels of NF1 (p = 0.02), compared to LTS. There were no significant CpGs identified between LTS vs STS at an adjusted p-value of 0.05. Unadjusted analyses identified key pathways and biological processes involved in both LTS and STS. The top pathway in LTS was the Hippo signaling pathway and the Wnt pathway. The top pathway in STS was GPCR ligand binding and cell-cell signaling. CONCLUSION A small group of patients with IDH wild-type GBM survive more than 5 years. While there are few differences in the global methylation profiles of long-term survivors compared to short-term survivors, our study highlights potential pathways involved in aggressive and senescent GBMs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».