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Enregistrement W4309046817 · doi:10.1038/s41597-022-01815-3

Modeling community standards for metadata as templates makes data FAIR

2022· article· en· W4309046817 sur OpenAlexfundno aff
Mark A. Musen, Martin J. O’Connor, Erik Schultes, Marcos Martínez-Romero, Josef Hardi, John Graybeal

Notice bibliographique

RevueScientific Data · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueResearch Data Management Practices
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCommon FundU.S. National Library of MedicineNational Science FoundationWellcomeCanadian Institutes of Health ResearchAustrian Science FundWellcome TrustNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesNIH Office of the Director
Mots-clésMetadataTemplateComputer scienceGeospatial metadataMeta Data ServicesInformation retrievalWorld Wide WebData scienceData elementProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

It is challenging to determine whether datasets are findable, accessible, interoperable, and reusable (FAIR) because the FAIR Guiding Principles refer to highly idiosyncratic criteria regarding the metadata used to annotate datasets. Specifically, the FAIR principles require metadata to be "rich" and to adhere to "domain-relevant" community standards. Scientific communities should be able to define their own machine-actionable templates for metadata that encode these "rich," discipline-specific elements. We have explored this template-based approach in the context of two software systems. One system is the CEDAR Workbench, which investigators use to author new metadata. The other is the FAIRware Workbench, which evaluates the metadata of archived datasets for their adherence to community standards. Benefits accrue when templates for metadata become central elements in an ecosystem of tools to manage online datasets-both because the templates serve as a community reference for what constitutes FAIR data, and because they embody that perspective in a form that can be distributed among a variety of software applications to assist with data stewardship and data sharing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,091
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,219
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,993
Score d'incertitude au seuil0,479

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0910,219
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,004
Bibliométrie0,0080,008
Études des sciences et des technologies0,0060,014
Communication savante0,0240,048
Science ouverte0,0070,015
Intégrité de la recherche0,0060,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,488
Tête enseignante GPT0,468
Écart entre enseignants0,020 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineReproductibilité
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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