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Enregistrement W4309072761 · doi:10.1186/s40463-022-00594-6

<i>EIF1AX</i> mutation in thyroid tumors: A retrospective analysis of cytology, histopathology and co-mutation profiles

2022· article· en· W4309072761 sur OpenAlexaff
Noha Elsherbini, Dong Hyun Kim, Richard J. Payne, Thomas J. Hudson, Véronique‐Isabelle Forest, Michael P. Hier, Alexandra E. Payne, Marc Pusztaszeri

Notice bibliographique

RevueJournal of Otolaryngology - Head and Neck Surgery · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueThyroid Cancer Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensMarianopolis CollegeJewish General HospitalMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHistopathologyMalignancyThyroidPathologyMutationMedicineExact testThyroid nodulesMutation testingThyroid carcinomaExonGermline mutationInternal medicineGastroenterologyBiologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The EIF1AX mutation has been identified in various benign and malignant thyroid lesions, with a higher prevalence in poorly differentiated thyroid carcinoma (PDTC) and anaplastic thyroid carcinoma, especially when combined with RAS or TP53 mutation. However, data and clinical significance of EIF1AX mutations in thyroid nodules is still limited. We investigated the prevalence of EIF1AX mutations and co-mutations in cytologically indeterminate thyroid nodules at our institution. METHODS: . Mutation type and presence of co-mutations were correlated with histopathologic diagnosis and clinical characteristics. Histopathology diagnoses were subsequently categorized as benign, borderline, malignant or aggressive malignant (≥ 10% PDTC component). Chi-square test was used to compare the malignancy associations of the: 1) A113_splice mutation compared to non-A113_splice mutations 2) singular A113_splice mutations compared to singular non-A113_splice mutations. Fisher's Exact Test was used to determine the association of A113_splice mutation with aggressive malignancies compared to non-A113_splice mutations. A p value of 0.05 or less was considered statistically significant. RESULTS: Out of 1583 patients who underwent FNA, 621 had further molecular testing. 31 cases (5%) harbored EIF1AX mutations. Of these cases, 12 (38.7%) were malignant, 2 (6.5%) were borderline, and 17 (55%) were benign. 4/31 cases (13%) were aggressive malignant (≥ 10% PDTC component). The most prevalent mutation was the A113_splice mutation at the junction of intron 5 and exon 6 (48%). All other mutations, except one, were located at the N-terminal in exon 2. 7/31 cases (22.6%) harbored ≥ 1 co-mutation(s), including 4 RAS, 3 TP53, 1 TERT and 1 PIK3CA, with 86% of them being malignant. All 4 nodules with RAS co-mutations were malignant including one PDTC. CONCLUSION: Our study reports the largest cohort of EIF1AX mutations in Bethesda III/IV FNA samples with surgical follow-up to our knowledge. The presence of the EIF1AX mutation confers a 45.2% risk of malignancy (ROM) or borderline after surgery. However, the coexistence of EIF1AX mutations with other driver mutations such as RAS, TERT or TP53 conferred an 86% ROM. While 55% of thyroid nodules were benign at the time of surgery, the possible malignant transformation of these nodules, had they not been resected, is unknown. Finally, 13% of the nodules with EIF1AX mutations were aggressive with a significant PDTC component. These findings can further aid in clinical decisions for patients with thyroid nodules.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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