Evolution of sequence traits of prion-like proteins linked to amyotrophic lateral sclerosis (ALS)
Notice bibliographique
Résumé
Prions are proteinaceous particles that can propagate an alternative conformation to further copies of the same protein. They have been described in mammals, fungi, bacteria and archaea. Furthermore, across diverse organisms from bacteria to eukaryotes, prion-like proteins that have similar sequence characters are evident. Such prion-like proteins have been linked to pathomechanisms of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) in humans, in particular TDP43, FUS, TAF15, EWSR1 and hnRNPA2. Because of the desire to study human disease-linked proteins in model organisms, and to gain insights into the functionally important parts of these proteins and how they have changed across hundreds of millions of years of evolution, we analyzed how the sequence traits of these five proteins have evolved across eukaryotes, including plants and metazoa. We discover that the RNA-binding domain architecture of these proteins is deeply conserved since their emergence. Prion-like regions are also deeply and widely conserved since the origination of the protein families for FUS, TAF15 and EWSR1, and since the last common ancestor of metazoa for TDP43 and hnRNPA2. Prion-like composition is uncommon or weak in any plant orthologs observed, however in TDP43 many plant proteins have equivalent regions rich in other amino acids (namely glycine and tyrosine and/or serine) that may be linked to stress granule recruitment. Deeply conserved low-complexity domains are identified that likely have functional significance.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».