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Enregistrement W4309300416 · doi:10.1101/2022.11.18.517039

3D reconstruction of ultra-high resolution neurotransmitter receptor atlases in human and non-human primate brains

2022· preprint· en· W4309300416 sur OpenAlexaff
Thomas Funck, Konrad Wagstyl, Claude Lepage, Mona Omidyeganeh, P.-J. Toussaint, Katrin Amunts, Alexander Thiel, Nicola Palomero‐Gallagher, Alan C. Evans

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensJewish General HospitalMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMacaqueNeurotransmitter receptorNeuroscienceHuman brainNeurotransmitterBiologyPipeline (software)MyelinPrimatePattern recognition (psychology)Rhesus macaqueAnatomyComputer scienceArtificial intelligenceReceptorCentral nervous system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Quantitative maps of neurotransmitter receptor densities are important tools for characterising the molecular organisation of the brain and key for understanding normal and pathologic brain function and behaviour. We describe a novel method for reconstructing 3-dimensional cortical maps for data sets consisting of multiple different types of 2-dimensional post-mortem histological sections, including autoradiographs acquired with different ligands, cell body and myelin stained sections, and which can be applied to data originating from different species. The accuracy of the reconstruction was quantified by calculating the Dice score between the reconstructed volumes versus their reference anatomic volume. The average Dice score was 0.91. We were therefore able to create atlases with multiple accurately reconstructed receptor maps for human and macaque brains as a proof-of-principle. Future application of our pipeline will allow for the creation of the first ever set of ultra-high resolution 3D atlases composed of 20 different maps of neurotransmitter binding sites in 3 complete human brains and in 4 hemispheres of 3 different macaque brains.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,034
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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