Pioneer factor Pax7 initiates two-step cell-cycle dependent chromatin opening
Notice bibliographique
Résumé
Summary Pioneer transcription factors direct cell differentiation by deploying new enhancer repertoires through their unique ability to target and initiate remodelling of closed chromatin. The initial steps of their action remain undefined although pioneers were shown to interact with nucleosomal target DNA and with some chromatin remodelling complexes. We now define the sequence of events that enable the pioneer Pax7 with its unique abilities. Chromatin condensation exerted by linker histone H1 is the first constraint on Pax7 recruitment, and this establishes the initial speed of chromatin remodelling. The first step of pioneer action involves recruitment of the KDM1A (LSD1) H3K9me2 demethylase for removal of this repressive mark, as well as recruitment of the MLL complex for deposition of the activating H3K4me1 mark. Further progression of pioneer action requires passage through cell division, and this involves dissociation of pioneer targets from perinuclear lamin B. Only then, the SWI/SNF remodeling complex and the coactivator p300 are recruited, leading to nucleosome displacement and enhancer activation. Thus, the unique features of pioneer actions are those occurring in the lamin-associated compartment of the nucleus. This model is consistent with prior work that showed a dependence on cell division for establishment of new cell fates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».