Taxonomic and carbon metabolic diversification of Bathyarchaeia during its co-evolution history with the early Earth surface environment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bathyarchaeia, as one of the most abundant microorganisms on Earth, play vital roles in the global carbon cycle. However, our understanding of their origin, evolution and ecological functions remains poorly constrained. Based on the phylogeny of the present largest dataset of Bathyarchaeia metagenome assembled genome (MAG), we reclassified Bathyarchaeia into eight order-level units and corresponded to the former subgroup system. Highly diversified and versatile carbon metabolisms were discovered among different orders, particularly atypical C1 metabolic pathways, indicating that Bathyarchaeia represent overlooked important methylotrophs. Molecular dating results indicate that Bathyarchaeia diverged at ∼3.3 Ga, followed by three major diversifications at ∼3.0 Ga, ∼2.5 Ga and ∼1.8-1.7 Ga, likely driven by continental emergence, growth and intensive submarine volcanism, respectively. The lignin-degrading Bathyarchaeia clade emerged at ∼300 Ma and perhaps contributed to the sharply decreased carbon sequestration rate during the Late Carboniferous period. The evolutionary pathway of Bathyarchaeia potentially have been shaped by geological forces, which in turn impacted the Earth’s surface environment. Teaser The origin and divergence of Bathyarchaeia linked to the early Earth tectonics and surface environment changes
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».