Haplotype‐phased and chromosome‐level genome assembly of <i>Puccinia polysora</i>, a giga‐scale fungal pathogen causing southern corn rust
Notice bibliographique
Résumé
Rust fungi are characterized by large genomes with high repeat content and have two haploid nuclei in most life stages, which makes achieving high-quality genome assemblies challenging. Here, we described a pipeline using HiFi reads and Hi-C data to assemble a gigabase-sized fungal pathogen, Puccinia polysora f.sp. zeae, to haplotype-phased and chromosome-scale. The final assembled genome is 1.71 Gbp, with ~850 Mbp and 18 chromosomes in each haplotype, being currently one of the two giga-scale fungi assembled to chromosome level. Transcript-based annotation identified 47,512 genes for the dikaryotic genome with a similar number for each haplotype. A high level of interhaplotype variation was found with 10% haplotype-specific BUSCO genes, 5.8 SNPs/kbp, and structural variation accounting for 3% of the genome size. The P. polysora genome displayed over 85% repeat contents, with genome-size expansion and copy number increasing of species-specific orthogroups. Interestingly, these features did not affect overall synteny with other Puccinia species having smaller genomes. Fine-time-point transcriptomics revealed seven clusters of coexpressed secreted proteins that are conserved between two haplotypes. The fact that candidate effectors interspersed with all genes indicated the absence of a "two-speed genome" evolution in P. polysora. Genome resequencing of 79 additional isolates revealed a clonal population structure of P. polysora in China with low geographic differentiation. Nevertheless, a minor population differentiated from the major population by having mutations on secreted proteins including AvrRppC, indicating the ongoing virulence to evade recognition by RppC, a major resistance gene in Chinese corn cultivars. The high-quality assembly provides valuable genomic resources for future studies on disease management and the evolution of P. polysora.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».