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Enregistrement W4309664456 · doi:10.1038/s41588-022-01208-7

Exome sequencing identifies rare damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 as risk factors for Alzheimer’s disease

2022· article· en· W4309664456 sur OpenAlexaff
Henne Holstege, Marc Hulsman, Camille Charbonnier, Benjamin Grenier‐Boley, Olivier Quenez, Detelina Grozeva, Jeroen van Rooij, Rebecca Sims, Shahzad Ahmad, Najaf Amin, Penny J. Norsworthy, Oriol Dols‐Icardo, Holger Hummerich, Amit Kawalia, Philippe Amouyel, Gary W. Beecham, Claudine Berr, Joshua C. Bis, Anne Boland, Paola Bossù, Femke H. Bouwman, José Brás, Dominique Campion, J. Nicholas Cochran, Antonio Daniele, Jean‐François Dartigues, Stéphanie Debette, Jean-François Deleuze, Nicola Denning, Anita L. DeStefano, Lindsay A. Farrer, María Victoria Fernández, Nick C. Fox, Daniela Galimberti, Emmanuelle Génin, Yann Le Guen, Rita Guerreiro, Jonathan L. Haines, Clive Holmes, M. Arfan Ikram, M. Kamran Ikram, Iris E. Jansen, Robert Kraaij, M Lathrop, Afina W. Lemstra, Alberto Lleó, Lauren Luckcuck, Marcel M. A. M. Mannens, Iain Marshall, Eden R. Martin, Carlo Masullo, Richard Mayeux, Patrizia Mecocci, Alun Meggy, Merel O. Mol, Kevin Morgan, R Myers, Benedetta Nacmias, Adam C. Naj, Valerio Napolioni, Florence Pasquier, Pau Pástor, Margaret A. Pericak‐Vance, Rachel Raybould, Richard Redon, Marcel Reinders, Anne‐Claire Richard, Steffi G. Riedel‐Heller, Fernando Rivadeneira, Stéphane Rousseau, Natalie S. Ryan, Salha Saad, Pascual Sánchez‐Juan, Gerard D. Schellenberg, Philip Scheltens, Jonathan M. Schott, Davide Seripa, Sudha Seshadri, Daoud Sie, Erik A. Sistermans, Sandro Sorbi, Resie van Spaendonk, Gianfranco Spalletta, Niccoló Tesi, Betty M. Tijms, André G. Uitterlinden, Sven J. van der Lee, Pieter Jelle Visser, Michael Wagner, David Wallon, Li-San Wang, Aline Zaréa, Jordi Clarimón, John C. van Swieten, Michael D. Greicius, Jennifer S. Yokoyama, Carlos Cruchaga, John Hardy, Alfredo Ramı́rez, Simon Mead, Wiesje M. van der Flier, Cornelia M. van Duijn, Julie Williams, Gaël Nicolas, Céline Bellenguez, Jean‐Charles Lambert

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAlzheimer's disease research and treatments
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingUniversity of California, San FranciscoNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNew York Genome CenterAgence Nationale de la RechercheAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilAlzheimer's Association
Mots-clésTREM2BiologyExome sequencingGenome-wide association studyGeneticsLoss functionGenetic associationDiseaseExomeDementiaAlzheimer's diseaseGeneBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismMutationGenotypeMedicinePhenotypeInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Alzheimer’s disease (AD), the leading cause of dementia, has an estimated heritability of approximately 70% 1 . The genetic component of AD has been mainly assessed using genome-wide association studies, which do not capture the risk contributed by rare variants 2 . Here, we compared the gene-based burden of rare damaging variants in exome sequencing data from 32,558 individuals—16,036 AD cases and 16,522 controls. Next to variants in TREM2 , SORL1 and ABCA7 , we observed a significant association of rare, predicted damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 with AD risk, and a suggestive signal in ADAM10 . Additionally, the rare-variant burden in RIN3, CLU, ZCWPW1 and ACE highlighted these genes as potential drivers of respective AD-genome-wide association study loci. Variants associated with the strongest effect on AD risk, in particular loss-of-function variants, are enriched in early-onset AD cases. Our results provide additional evidence for a major role for amyloid-β precursor protein processing, amyloid-β aggregation, lipid metabolism and microglial function in AD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,073
Score d'incertitude au seuil0,789

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations219
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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