Sequence evidence that the D614G clade of SARS-CoV-2 was already circulating in northern Italy in the fall of 2019
Notice bibliographique
Résumé
Elucidating ancestor-descendant relationships of viral lineages is crucial for addressing the question of when and where a virulent viral strain originated. The D614G clade, with an Aspartate-614 to Glycine (D614G) mutation, includes all recent variants of SARS-CoV-2 and tend to be more infectious than the viral strains isolated in Wuhan. The D614G clade is characterized by TTTG at four nucleotide sites (sites 241, 3037, 14408 and 23403 following the reference genome NC_045512), in contrast to CCCA shared among early SARS-CoV-2 genomes sampled in China and those that can be traced to China. It was believed that the TTTG lineage descended from the early viral CCCA lineages. A set of SARS-CoV-2 sequences collected from Sept. 12 to Dec. 18, 2019, in Lombardy, Milan and Turin in Italy provided, for the first time, strong evidence that the D614G/TTTG lineage has already been circulating in Italy in 2019. I discussed extensively the controversies arising from this set of early SARS-CoV-2 sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».