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Enregistrement W4309912772 · doi:10.1101/2022.11.21.517399

Anti-integrin αvβ6 autoantibodies are a novel predictive biomarker in ulcerative colitis

2022· preprint· en· W4309912772 sur OpenAlexafffund
Alexandra E. Livanos, Alexandra Dunn, J Fischer, Ryan C. Ungaro, Williams Turpin, Sun-Ho Lee, Shumin Rui, Diane M. Del Valle, Julia Jougon, Gustavo Martínez-Delgado, Mark S. Riddle, Joseph A. Murray, Renée M. Laird, Joana Torres, Manasi Agrawal, Jared Magee, Thierry Dervieux, Sacha Gnjatic, Dean Sheppard, Bruce E. Sands, Chad K. Porter, Kenneth Croitoru, Francesca Petralia, Jean‐Frédéric Colombel, Saurabh Mehandru

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesKenneth Rainin FoundationCrohn's and Colitis CanadaCanadian Institutes of Health ResearchLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable TrustJanssen PharmaceuticalsGenentechCanadian Association of GastroenterologyAmgen
Mots-clésMedicineUlcerative colitisInternal medicineAutoantibodyCohortBiomarkerGastroenterologyProportional hazards modelInflammatory bowel diseaseAntibodyDiseaseImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background and Aims Better biomarkers for prediction of ulcerative colitis (UC) development and prognostication are needed. Anti-integrin αvβ6 autoantibodies (anti-αvβ6) have been described in UC patients. Here, we tested for the presence of anti-αvβ6 antibodies in the pre-clinical phase of UC and studied their association with disease-related outcomes after diagnosis. Methods Anti-αvβ6 were measured in 4 longitudinal serum samples collected from 82 subjects who later developed UC and 82 matched controls from a Department of Defense pre-clinical cohort (PREDICTS). In a distinct, external validation cohort (GEM), we tested 12 pre-UC subjects and 49 matched controls. Further, anti-αvβ6 were measured in 2 incident UC cohorts (COMPASS n=55 and OSCCAR n=104) and associations between anti-αvβ6 and UC-related outcomes were defined using Cox proportional-hazards model. Results Anti-αvβ6 were significantly higher among individuals who developed UC compared to controls up to 10 years before diagnosis in PREDICTS. The anti-αvβ6 seropositivity was 12.2% 10 years before diagnosis and increased to 52.4% at the time of diagnosis in subjects who developed UC compared with 2.7% in controls across the 4 timepoints. Anti-αvβ6 predicted UC development with an AUC of at least 0.8 up to 10 years before diagnosis. The presence of anti-αvβ6 in pre-clinical UC samples was validated in the GEM cohort. Finally, high anti-αvβ6 was associated with a composite of adverse UC-outcomes including hospitalization, disease extension, colectomy, systemic steroid use and/or escalation to biologic therapy in recently diagnosed UC. Conclusion Anti-integrin αvβ6 auto-antibodies precede the clinical diagnosis of UC by up to 10 years and are associated with adverse UC-related outcomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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