An Improved Real-Time Viability PCR Assay to Detect Salmonella in a Culture-Independent Era
Notice bibliographique
Résumé
Viability PCR (vPCR) uses a DNA intercalating dye to irreversibly bind double-stranded DNA from organisms with compromised cell membranes. This allows the selective amplification of DNA from intact cells. An optimized vPCR protocol should minimize false positives (DNA from compromised cells not fully removed) and false negatives (live cell DNA bound by the dye). We aimed to optimize a vPCR protocol using PMAxx™ as the intercalating agent and Salmonella Enteritidis as the target organism. To do this, we studied (1) single vs. sequential PMAxx™ addition; (2) a wash step post-PMAxx™ treatment; (3) a change of tube post-treatment before DNA extraction. The single vs. sequential PMAxx™ addition showed no difference. Results signified that PMAxx™ potentially attached to polypropylene tube walls and bound the released DNA from PMA-treated live cells when lysed in the same tube. A wash step was ineffective but transfer of the treated live cells to a new tube minimized these false-negative results. Our optimized protocol eliminated 108 CFU/mL heat-killed cell DNA in the presence of different live cell dilutions without compromising the amplification of the live cells, minimizing false positives. With further improvements, vPCR has great potential as a culture-independent diagnostic tool.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».