Organization, genomic targeting and assembly of three distinct SWI/SNF chromatin remodeling complexes in <i>Arabidopsis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Switch defective/sucrose non-fermentable (SWI/SNF) complexes are evolutionarily conserved multi-subunit machines that play vital roles in chromatin architecture regulation for modulating gene expression via sliding or ejection of nucleosomes in eukaryotes. In plants, perturbations of SWI/SNF subunits often result in severe developmental disorders. However, the subunit composition, pathways of assembly, and genomic targeting of the plant SWI/SNF complexes remain undefined. Here, we reveal the organization, genomic targeting and assembly of three distinct Arabidopsis SWI/SNF complexes: B RAHMA- A ssociated S WI/SNF complexes (BAS), S PLAYED- A ssociated S WI/SNF complexes (SAS) and M INUSCULE- A ssociated S WI/SNF complexes (MAS). We show that BAS complexes are equivalent to human ncBAF, whereas SAS and MAS complexes evolve in multiple subunits unique to plants, suggesting a plant-specific functional evolution of SWI/SNF complexes. We further demonstrate overlapping and specific genomic targeting of the three plant SWI/SNF complexes on chromatin and reveal that SAS complexes are necessary for the correct genomic localization of the BAS complexes. Finally, we define the role of core module subunit in the assembly of the plant SWI/SNF complexes and highlight that ATPase module subunit is required for global complex stability and the interaction of core module subunits in SAS and BAS complexes in Arabidopsis. Together, our work highlights the divergence of SWI/SNF chromatin remodelers during the eukaryote evolution and provides a comprehensive landscape for understanding the plant SWI/SNF complexes organization, assembly, genomic targeting, and function. One-sentence summary Comprehensively define the organization, genomic targeting and assembly of three distinct SWI/SNF chromatin remodeling complexes in Arabidopsis
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».