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Enregistrement W4310214311 · doi:10.1101/2022.11.23.517109

Universal microbial reworking of dissolved organic matter along environmental gradients

2022· preprint· en· W4310214311 sur OpenAlexafffund
Erika C. Freeman, Erik J. S. Emilson, Thorsten Dittmar, Lucas PP Braga, Caroline E. Emilson, Tobias Goldhammer, Christine Martineau, Gabriel Singer, Andrew J. Tanentzap

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSoil and Water Nutrient Dynamics
Établissements canadiensNatural Resources CanadaCanadian Forest Service
Organismes subventionnairesNatural Resources CanadaU.S. Forest ServiceCanadian Forest ServiceHorizon 2020 Framework ProgrammeGovernment of Canada
Mots-clésDissolved organic carbonSoil waterEnvironmental chemistryEnvironmental scienceMicrobial biodegradationOrganic matterEcosystemDegradation (telecommunications)Carbon cycleCarbon fibersSoil carbonAquatic ecosystemSoil organic matterSoil retrogression and degradationSoil scienceChemistryEcologyGeologyMicroorganismBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Soils are losing increasing amounts of carbon annually to freshwaters as dissolved organic matter (DOM), which, if degraded, can accelerate climate change. DOM is more susceptible to degradation closer to its source and becomes increasingly dominated by the same, difficult-to-degrade compounds as degradation proceeds. However, the processes underlying DOM degradation across environments are poorly understood. Here we found DOM changed similarly along soil-aquatic gradients irrespective of differences in environmental conditions. Using ultra-high-resolution mass spectrometry, we tracked DOM along soil depths and hillslope positions in forest headwater catchments and related its composition to soil microbiomes and physical chemistry. Along depths and hillslopes, carbohydrate-like and unsaturated hydrocarbon-like compounds increased in mass, suggestive of microbial reworking of plant material. More than half of the variation in the abundance of these compounds was related to the expression of genes essential for degrading plant-derived carbohydrates. Our results implicate continuous microbial reworking in shifting DOM towards universal compounds in soils. By synthesising data from the land-to-ocean continuum, we suggest these processes can generalise across ecosystems and spatiotemporal scales. Such general degradation patterns can be leveraged to predict DOM composition and its downstream reactivity along environmental gradients to inform management of soil-to-stream carbon losses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,170
Écart entre enseignants0,165 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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