Global Expansion of SARS-CoV-2 Variants of Concern: Dispersal Patterns and Influence of Air Travel
Notice bibliographique
Résumé
In many regions of the world, the Alpha, Beta and Gamma SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOCs) co-circulated during 2020-21 and fueled waves of infections. During 2021, these variants were almost completely displaced by the Delta variant, causing a third wave of infections worldwide. This phenomenon of global viral lineage displacement was observed again in late 2021, when the Omicron variant disseminated globally. In this study, we use phylogenetic and phylogeographic methods to reconstruct the dispersal patterns of SARS-CoV-2 VOCs worldwide. We find that the source-sink dynamics of SARS-CoV-2 varied substantially by VOC, and identify countries that acted as global hubs of variant dissemination, while other countries became regional contributors to the export of specific variants. We demonstrate a declining role of presumed origin countries of VOCs to their global dispersal: we estimate that India contributed <15% of all global exports of Delta to other countries and South Africa <1-2% of all global Omicron exports globally. We further estimate that >80 countries had received introductions of Omicron BA.1 100 days after its inferred date of emergence, compared to just over 25 countries for the Alpha variant. This increased speed of global dissemination was associated with a rebound in air travel volume prior to Omicron emergence in addition to the higher transmissibility of Omicron relative to Alpha. Our study highlights the importance of global and regional hubs in VOC dispersal, and the speed at which highly transmissible variants disseminate through these hubs, even before their detection and characterization through genomic surveillance. Highlights: Global phylogenetic analysis reveals relationship between air travel and speed of dispersal of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs)Omicron VOC spread to 5x more countries within 100 days of its emergence compared to all other VOCsOnward transmission and dissemination of VOCs Delta and Omicron was primarily from secondary hubs rather than initial country of detection during a time of increased global air travelAnalysis highlights highly connected countries identified as major global and regional exporters of VOCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».