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Enregistrement W4310993446 · doi:10.3389/fgene.2022.1059650

Cutting through the weeds: Evaluation of a novel adsorption with crossmatch cells and elution protocol to sharpen HLA antibody identification by the single antigen bead assay

2022· article· en· W4310993446 sur OpenAlexaff
Robert Liwski, Sandra Tafulo, Robert Carroll, James H. Lan, Anna L. Greenshields

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRenal Transplantation Outcomes and Treatments
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAntibodyAntigenHuman leukocyte antigenEpitopeChemistryMolecular biologyBiologyImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The single antigen bead (SAB) assay is the most used test for the identification of HLA specific antibodies pre- and post-transplant. Nevertheless, detection of spurious reactivities remains a recognized assay limitation. In addition, the presence of weak reactivity patterns can complicate unacceptable antigen assignment. This work presents the evaluation of the adsorption with crossmatch cells and elution (AXE) technique, which was designed to help differentiate weak HLA specific antibodies targeting native antigens from spurious and background SAB assay reactivity. The AXE protocol uses selected donor cells to adsorb HLA specific antibodies from sera of interest. Bound antibodies are then eluted off washed cells and identified using the SAB assay. Only antibodies targeting native HLA are adsorbed. Assay evaluation was performed using five cell donors and pooled positive control serum. AXE efficiency was determined by comparing SAB reactivity of adsorbed/eluted antibody to that of the antibodies in unadsorbed sera. A robust efficiency was seen across a wide range of original MFI for donor specific antibodies (DSA). A higher absorption/elution recovery was observed for HLA class I antigens vs. class II. Locus-specific variation was also observed, with high-expression HLA loci (HLA-A/B/DR) providing the best recovery. Importantly, negligible reactivity was detected in the last wash control, confirming that AXE eluates were not contaminated with HLA antibody carry-over. Donor cells incubated with autologous and DSA-containing allogeneic sera showed that AXE selectively adsorbed HLA antibodies in a donor antigen-specific manner. Importantly, antibodies targeting denatured epitopes or other non-HLA antigens were not detected by AXE. AXE was particularly effective at distinguishing weak HLA antibodies from background reactivity. When combined with epitope analysis, AXE enhanced precise identification of antibody-targeted eplets and even facilitated the characterization of a potential novel eplet. Comparison of AXE to flow cytometric crossmatching further revealed that AXE was a more sensitive technique in the detection of weak DSA. Spurious reactivities on the current SAB assay have a deleterious impact on the assignment of clinically relevant HLA specificities. The AXE protocol is a novel test that enables users to interrogate reactive patterns of interest and discriminate HLA specific antibodies from spurious reactivity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,239
Score d'incertitude au seuil0,282

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,348
Écart entre enseignants0,307 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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