Phylogenomic resolution of order- and family-level monocot relationships using 602 single-copy nuclear genes and 1375 BUSCO genes
Notice bibliographique
Résumé
We assess relationships among 192 species in all 12 monocot orders and 72 of 77 families, using 602 conserved single-copy (CSC) genes and 1375 benchmarking single-copy ortholog (BUSCO) genes extracted from genomic and transcriptomic datasets. Phylogenomic inferences based on these data, using both coalescent-based and supermatrix analyses, are largely congruent with the most comprehensive plastome-based analysis, and nuclear-gene phylogenomic analyses with less comprehensive taxon sampling. The strongest discordance between the plastome and nuclear gene analyses is the monophyly of a clade comprising Asparagales and Liliales in our nuclear gene analyses, versus the placement of Asparagales and Liliales as successive sister clades to the commelinids in the plastome tree. Within orders, around six of 72 families shifted positions relative to the recent plastome analysis, but four of these involve poorly supported inferred relationships in the plastome-based tree. In Poales, the nuclear data place a clade comprising Ecdeiocoleaceae+Joinvilleaceae as sister to the grasses (Poaceae); Typhaceae, (rather than Bromeliaceae) are resolved as sister to all other Poales. In Commelinales, nuclear data place Philydraceae sister to all other families rather than to a clade comprising Haemodoraceae+Pontederiaceae as seen in the plastome tree. In Liliales, nuclear data place Liliaceae sister to Smilacaceae, and Melanthiaceae are placed sister to all other Liliales except Campynemataceae. Finally, in Alismatales, nuclear data strongly place Tofieldiaceae, rather than Araceae, as sister to all the other families, providing an alternative resolution of what has been the most problematic node to resolve using plastid data, outside of those involving achlorophyllous mycoheterotrophs. As seen in numerous prior studies, the placement of orders Acorales and Alismatales as successive sister lineages to all other extant monocots. Only 21.2% of BUSCO genes were demonstrably single-copy, yet phylogenomic inferences based on BUSCO and CSC genes did not differ, and overall functional annotations of the two sets were very similar. Our analyses also reveal significant gene tree-species tree discordance despite high support values, as expected given incomplete lineage sorting (ILS) related to rapid diversification. Our study advances understanding of monocot relationships and the robustness of phylogenetic inferences based on large numbers of nuclear single-copy genes that can be obtained from transcriptomes and genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».