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Enregistrement W4311102982 · doi:10.1101/2022.12.01.518724

The complete sequence of a human Y chromosome

2022· preprint· en· W4311102982 sur OpenAlexaff
Arang Rhie, Sergey Nurk, Monika Čechová, Savannah J. Hoyt, Dylan J. Taylor, Nicolas Altemose, Paul W. Hook, Sergey Koren, Mikko Rautiainen, Ivan A. Alexandrov, Mobin Asri, Andrey V. Bzikadze, Nae-Chyun Chen, Chen-Shan Chin, Mark Diekhans, Paul Flicek, Giulio Formenti, Arkarachai Fungtammasan, Carlos García Girón, Erik Garrison, Ariel Gershman, Jennifer L. Gerton, Patrick G. S. Grady, Andrea Guarracino, Leanne Haggerty, Reza Halabian, Nancy F. Hansen, Robert S. Harris, Gabrielle A. Hartley, William T. Harvey, Marina Haukness, Jakob Heinz, Thibaut Hourlier, Robert Hubley, Sarah Hunt, Stephen Hwang, Miten Jain, Rupesh K. Kesharwani, Alexandra P. Lewis, Heng Li, Glennis A. Logsdon, Julian Lucas, Wojciech Makałowski, Christopher Markovic, Fergal J. Martin, Ann M. Mc Cartney, Rajiv C. McCoy, Jennifer McDaniel, Brandy McNulty, Paul Medvedev, Alla Mikheenko, Katherine M. Munson, Terence D. Murphy, Hugh E. Olsen, Nathan D. Olson, Luis F. Paulin, David Porubskỳ, Tamara Potapova, Fedor Ryabov, Steven L. Salzberg, Michael E.G. Sauria, Fritz J. Sedlazeck, Kishwar Shafin, В. А. Шепелев, Alaina Shumate, Jessica M. Storer, Angela M. Taravella Oill, Françoise Thibaud‐Nissen, Winston Timp, Marta Tomaszkiewicz, Mitchell R. Vollger, Brian P. Walenz, Allison C. Watwood, Matthias H. Weissensteiner, Aaron M. Wenger, Melissa A. Wilson, Samantha Zarate, Yiming Zhu, Justin M. Zook, Evan E. Eichler, Rachel J. O’Neill, Michael C. Schatz, Karen H. Miga, Kateryna D. Makova, Adam M. Phillippy

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesDivision of Biological InfrastructureU.S. National Library of MedicineNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Standards and TechnologyEuropean Molecular Biology LaboratoryStowers Institute for Medical ResearchMinistry of Science and Higher Education of the Russian FederationPennsylvania State UniversityArizona State UniversityUniversity of PennsylvaniaSaint Petersburg State UniversityAchievement Rewards for College Scientists FoundationHoward Hughes Medical InstituteNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésHuman genomeBiologyGeneticsTelomereSequence (biology)GenomeChromosomeReference genomeComputational biologyGenomicsStructural variationY chromosomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The human Y chromosome has been notoriously difficult to sequence and assemble because of its complex repeat structure including long palindromes, tandem repeats, and segmental duplications 1–3 . As a result, more than half of the Y chromosome is missing from the GRCh38 reference sequence and it remains the last human chromosome to be finished 4, 5 . Here, the Telomere-to-Telomere (T2T) consortium presents the complete 62,460,029 base pair sequence of a human Y chromosome from the HG002 genome (T2T-Y) that corrects multiple errors in GRCh38-Y and adds over 30 million base pairs of sequence to the reference, revealing the complete ampliconic structures of TSPY , DAZ , and RBMY gene families; 41 additional protein-coding genes, mostly from the TSPY family; and an alternating pattern of human satellite 1 and 3 blocks in the heterochromatic Yq12 region. We have combined T2T-Y with a prior assembly of the CHM13 genome 4 and mapped available population variation, clinical variants, and functional genomics data to produce a complete and comprehensive reference sequence for all 24 human chromosomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,876
Score d'incertitude au seuil0,689

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations42
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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