Three Muscle-Specific DAF-16/FOXO Transcriptional Targets Activated by Reduced Insulin/IGF-1 Signaling
Notice bibliographique
Résumé
Abstract C. elegans insulin/insulin-like growth factor 1 signaling, IIS, affects diverse physiological processes through the DAF-16/FOXO transcription factor. Despite its ubiquitous presence in somatic cells, DAF-16’s effects exhibit prevalent tissue specificity as well as tissue crosstalk. This implies that tissue-specific DAF-16 transcriptional programs contribute to functional diversity of IIS. To further investigate this possibility, we sought muscle-cell-specific DAF-16 transcriptional targets. Using fluorescence-activated cell sorting to enrich for body wall muscle cells from young hermaphroditic adults, we compared the muscle cell mRNA transcriptomes under conditions of high and low IIS activity, with and without DAF-16. We further analyzed DAF-16a’s binding sites in muscle and intestine cells by chromatin-immunoprecipitation sequencing. Combined output of these analyses is 12 candidate DAF-16 targets enriched for muscle cells. Transcriptional and translational reporters for three out of the four top candidates - a secreted protein C54F6.5, a calcium-binding protein CEX-1/calexcitin, and a fatty acid metabolic enzyme MLCD-1/MCD - showed DAF-16-dependent activation specifically in body wall muscle cells. Notably, reporters for C54F6.5 and cex-1 exhibit DAF-16-independent, constitutive expression in non-muscle cells, explaining their low rank or absence from the DAF-16 target lists generated by whole-animal microarray or mRNA-sequencing analyses. These results highlight the need to examine FOXO targets in a cell-type-specific manner. Article Summary This study is relevant to those interested in functional specificity of signaling pathways. It describes a rigorous workflow to identify tissue-specific transcriptional changes activated by DAF-16/FOXO, a key effector of insulin signaling, its tissue-specific chromatin binding sites, and experimental validation of three previously unknown DAF-16 targets in body wall muscle cells. These findings highlight the intricacy of tissue-specific regulation exerted by a signaling pathway that is present and operates across tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».