Phenome-wide association study of loci harboring de novo tandem repeat mutations in UK Biobank exomes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract When present in coding regions, tandem repeats (TRs) may have large effects on protein structure and function contributing to health and disease. We use a family-based design to identify de novo TRs and assess their impact at the population level in 148,607 European ancestry participants from the UK Biobank. The 427 loci with de novo TR mutations are enriched for targets of microRNA-184 (21.1-fold, P = 4.30 × 10 −5 , FDR = 9.50 × 10 −3 ). There are 123 TR-phenotype associations with posterior probabilities > 0.95. These relate to body structure, cognition, and cardiovascular, metabolic, psychiatric, and respiratory outcomes. We report several loci with large likely causal effects on tissue microstructure, including the FAN1 -[TG] N and carotid intima-media thickness (mean thickness: beta = 5.22, P = 1.22 × 10 −6 , FDR = 0.004; maximum thickness: beta = 6.44, P = 1.12 × 10 −6 , FDR = 0.004). Two exonic repeats FNBP4 -[GGT] N and BTN2A1 -[CCT] N alter protein structure. In this work, we contribute clear and testable hypotheses of dose-dependent TR implications linking genetic variation and protein structure with health and disease outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».