Antimicrobial susceptibilities of Neisseria gonorrhoeae in Canada, 2020
Notice bibliographique
Résumé
Background: The Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme is a passive surveillance system that has monitored antimicrobial resistance in Neisseria gonorrhoeae in Canada since the 1980s.This article summarizes the demographics, antimicrobial resistances and NG-MAST (N.gonorrhoeae multiantigen sequence typing) for cultures collected in 2020.Methods: The National Microbiology Laboratory (NML) in Winnipeg received resistant N. gonorrhoeae cultures from provincial and territorial public health laboratories.Agar dilution was used to determine the minimum inhibitory concentrations to ten antimicrobials for all cultures received at NML, according to Clinical and Laboratory Standards Institute guidelines.The NG-MAST typing was also determined for each culture.Results: A total of 3,130 N. gonorrhoeae cases were cultured across Canada in 2020; a 36% decrease from 2019 (n=4,859).The level of decreased susceptibility to cefixime increased significantly between 2016 and 2020 to 2.8% (p=0.0054).Decreased susceptibility to ceftriaxone declined significantly between 2016 (1.8%) and 2020 to 0.9% (p=0.001), and there was no significant change with azithromycin between 2016 (7.2%) and 2020 (6.1%).The proportion of cultures with an azithromycin minimum inhibitory concentrations of ≥1 mg/L increased significantly from 11.6% in 2016 to 15.3% in 2020 (p=0.0017).The most common NG-MAST type in Canada for 2020 was sequence type (ST)-11461, while ST-12302 was most commonly associated with azithromycin resistance and ST-16639 with cephalosporin decreased susceptibility.Conclusion: Antimicrobial resistance in N. gonorrhoeae remains an important public health concern and continued surveillance is imperative to monitor trends to ensure the recommended therapies will be the most effective.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».