Shift of the insoluble content of the proteome in aging mouse brain
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aging and protein aggregation diseases are inextricably linked. During aging, cellular response to unfolded proteins are believed to decline which results in diminished protein homeostasis (proteostasis). Indeed, in model organisms, such as C. elegans , proteostatic decline with age has even been linked to the onset of aggregation of proteins in wild-type animals. However, this correlation has not been extensively characterized in aging mammals. To reveal the insoluble portion of the proteome, we analyzed the detergent-insoluble fraction of mouse brain tissues after high-speed centrifugation by quantitative mass spectrometry. We identified a cohort of 171 proteins enriched in the pellet fraction of older mice including the alpha crystallin small heat shock protein. We then performed a meta-analysis to compare features among distinct groups of detergent-insoluble proteins reported in the literature. Surprisingly, our analysis revealed that features associated with proteins found in the pellet fraction differ depending on the ages of the mice. In general, insoluble proteins from young models (<15 weeks) were more likely to be RNA-binding, more disordered and more likely to be found in membraneless organelles. These traits become less prominent with age within the combined dataset, as proteins with more structure enter the pellet fraction. This analysis suggests that age-related changes to proteome organization lead a specific group of proteins to enter the pellet fraction as a result of loss of proteostasis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».