Two distinct population clusters of northern sand lance (<i>Ammodytes dubius</i>) on the northwest Atlantic shelf revealed by whole genome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Northern sand lance (Ammodytes dubius) are essential forage fish in most offshore, temperate-to-polar waters on the Northwest Atlantic shelf (NWA), but their population structure and genetic separation from the American sand lance (A. americanus) remain unresolved. We assembled a reference genome for A. dubius (first in the Ammodytidae) and then used low-coverage whole genome sequencing on 262 specimens collected across the species distribution (Mid-Atlantic Bight to Greenland) to quantify genetic differentiation between geographic regions based on single nucleotide polymorphisms. We found strong separation between A. dubius from locations north and south of the Scotian Shelf, largely due to massive genetic differentiation spanning most of chromosomes 21 and 24. Genetic distance increased with geographic distance in the smaller southern cluster but not in the larger northern cluster, where genetic homogeneity appeared across large geographic distances (>103 km). The two genetic clusters coincide with a clear break in winter sea surface temperature, suggesting that differential offspring survival, rather than limited transport, causes a break in realized connectivity. Nuclear and mitochondrial DNA both clearly delineated A. dubius from A. americanus, thereby confirming a species boundary through spatial niche partitioning into inshore (A. americanus) and offshore (A. dubius) sand lance species on the NWA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».