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Enregistrement W4311583012 · doi:10.1038/s41467-022-35118-3

Characterization of an RNA binding protein interactome reveals a context-specific post-transcriptional landscape of MYC-amplified medulloblastoma

2022· article· en· W4311583012 sur OpenAlexafffund
Michelle Kameda-Smith, Helen He Zhu, En‐Ching Luo, Yujin Suk, Agata Xella, Brian A. Yee, Chirayu Chokshi, Sansi Xing, Frederick E. Tan, Raymond G. Fox, Ashley Adile, David Bakhshinyan, Kevin R. Brown, William D. Gwynne, Minomi Subapanditha, Petar Miletic, Daniel Picard, Ian Burns, Jason Moffat, Kamil Paruch, Adam Fleming, Kristin J. Hope, John Provias, Marc Remke, Yu Lu, Tannishtha Reya, Chitra Venugopal, Jüri Reimand, Robert J. Wechsler‐Reya, G Yeo, Sheila K. Singh

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensMcMaster University Medical CentreJuravinski Cancer CentreVector InstituteUniversity Health NetworkUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer ResearchMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteOntario Institute for Cancer ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMcMaster UniversityUniversity of California, San DiegoNeurosurgery Research and Education FoundationCanadian Institutes of Health ResearchAlex's Lemonade Stand Foundation for Childhood CancerGovernment of OntarioCalifornia Institute for Regenerative Medicine
Mots-clésMedulloblastomaInteractomeContext (archaeology)BiologyCancer researchComputational biologyTranscriptomeRNA-binding proteinRNAGeneticsGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pediatric medulloblastoma (MB) is the most common solid malignant brain neoplasm, with Group 3 (G3) MB representing the most aggressive subgroup. MYC amplification is an independent poor prognostic factor in G3 MB, however, therapeutic targeting of the MYC pathway remains limited and alternative therapies for G3 MB are urgently needed. Here we show that the RNA-binding protein, Musashi-1 (MSI1) is an essential mediator of G3 MB in both MYC-overexpressing mouse models and patient-derived xenografts. MSI1 inhibition abrogates tumor initiation and significantly prolongs survival in both models. We identify binding targets of MSI1 in normal neural and G3 MB stem cells and then cross referenced these data with unbiased large-scale screens at the transcriptomic, translatomic and proteomic levels to systematically dissect its functional role. Comparative integrative multi-omic analyses of these large datasets reveal cancer-selective MSI1-bound targets sharing multiple MYC associated pathways, providing a valuable resource for context-specific therapeutic targeting of G3 MB.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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