Genetically unresolved case of Rauch-Steindl syndrome diagnosed by its wolf-hirschhorn associated DNA methylation episignature
Notice bibliographique
Résumé
Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS) is caused by deletion of a critical region of the short arm of chromosome 4. Clinical features of WHS include distinct dysmorphic facial features, growth restriction, developmental delay, intellectual disability, epilepsy, and other malformations. TheNSD2gene localizes within this critical region along with several other genes. Pathogenic variants inNSD2cause Rauch-Steindl (RAUST) syndrome. Clinical features of RAUST syndrome partially overlap with WHS, however epilepsy and the recognizable facial gestalt are not observed. Here, we report a case of a young boy who presented with developmental delay, dysmorphic features and short stature. After negative chromosomal microarray and whole exome sequencing, genomic DNA methylation episignature analysis was performed. Episignatures are sensitive and specific genome-wide DNA methylation patterns associated with a growing number of rare disorders. The patient was positive for the WHS episignature. Reanalysis of the patient’s exome data identified a previously undetected frameshift variant inNSD2, leading to a diagnosis of RAUST. This report demonstrates the clinical utility of DNA methylation episignature analysis for unresolved patients, and provides insight into the overlapping pathology between WHS and RAUST as demonstrated by the similarities in their genomic DNA methylation profiles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».