89. On-going impact of the SARS-CoV-2 pandemic on the evolution of carbapenemase-producing <i>Enterobacterales</i> in Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The spread of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) is global threat. Numerous outbreaks of CPE have been reported during the COVID-19 pandemic. We describe the impact of of the SARS-CoV-2 pandemic on the emergence of CPE in south-central Ontario, Canada. Incidence of clinical isolates of CPE and isolates with different CPE genes in Toronto/Peel region, 2017–2021. The upper panel shows the incidence of patients with clinical isolates of CPE by year and quarter from q4 2007 to q1 2022. The lower panel shows the incidence of patients with clinical isolates with different carbapenemase genes by fiscal year during the same period. Methods TIBDN has performed population-based surveillance for CPE in Toronto/Peel region (pop 4.5M) from first identified isolate in 2007. All laboratories test/refer all carbapenem non-susceptible Enterobacterial isolates for identification of CPE. Hospital charts are reviewed and patients/physicians interviewed. Population data are obtained from Statistics Canada. Results From 10/2007 to 3/31/2022, 1367 persons colonized or infected with CPE were identified. Their median age was 68.7yrs (IQR 54–78yrs); 761 (56%) were male. 772 (56%) were colonized when first identified; 115 (8.4%) were bacteremic at identification or subsequently developed bacteremia. The most common organisms were E. coli (651, 48%), K. pneumoniae (436, 32%), Enterobacter spp. (146, 11%), Citrobacter spp (62, 5%); the most common genes were NDM±OXA-48 (722, 53%), OXA-48-like (341, 25%), KPC (225, 16%), VIM (44, 3%). The incidence of CPE infections increased steadily until 3/2020 then declined by 61% and remained stable until 3/2022 (Figure, upper panel). The decline was greater for E. coli (56% decrease), K. pneumoniae (62%) than for Enterobacter spp. (30%) and other species (19%). It occurred in all genes in 2020; however, KPC containing organisms increased again in 2021 (Figure, lower panel). Conclusion The advent of the COVID-19 pandemic was associated with an immediate, substantial decline in the incidence of patients with CPE in our population area. This decline occurred in both isolates with genes usually occurring in cases imported from other countries, and in those usually occurring in cases associated with transmission within Canadian hospitals. Decreased travel and enhanced infection prevention and control in hospitals may both have contributed to reductions in CPE during the pandemic. Disclosures All Authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».