Dissecting the cell of origin of aberrant SALL4 expression in myelodysplastic syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Myelodysplastic syndrome (MDS) is a group of heterogeneous diseases characterized by cytologic dysplasia and cytopenias resulting from ineffective hematopoiesis. Oncofetal protein SALL4 is a known oncogene in MDS and its baseline expression level serves as a prognostic biomarker for MDS at the time of diagnosis. In addition, a recent study showed that SALL4 upregulation following hypomethylating agent treatment in MDS patients correlates with poor outcomes. Despite its important mechanistic and diagnostic significance, the cellular identity of bone marrow cells with aberrant SALL4 expression in MDS patients remains unknown. In this study, we analyzed MDS bone marrow cells on single cell level by mass cytometry (CyTOF) and found that SALL4 was mainly aberrantly expressed in the hematopoietic stem and progenitor cells (HSPC) as well as myeloid lineages. Within the HSPC population from MDS patients, SALL4 and p53 were co-expressed, with the highest co-expressing clones harboring pathogenic TP53 mutations. Overall, our study characterizes for the first time the aberrant SALL4 expression in primary MDS patient samples at a single-cell level. Further studies on the SALL4/p53 network for in-depth mechanistic investigation are needed in the future. Key Points SALL4 expression in various MDS BM cells confirmed by mass cytometry (CyTOF). SALL4 and p53 double positive cells were predominantly found in the hematopoietic stem and progenitor cell (HSPC) population and associated with pathogenic TP53 mutation status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».