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Enregistrement W4311822639 · doi:10.1093/sleep/zsac308

Discovery of genomic loci associated with sleep apnea risk through multi-trait GWAS analysis with snoring

2022· review· en· W4311822639 sur OpenAlexfundno aff
Adrián I. Campos, Nathan Ingold, Yunru Huang, Brittany L. Mitchell, Pik Fang Kho, Xikun Han, Luis M. García‐Marín, Jue‐Sheng Ong, Michelle Agee, Stella Aslibekyan, Adam Auton, Elizabeth Babalola, Robert K. Bell, Jessica Bielenberg, Katarzyna Bryc, Emily Bullis, Briana Cameron, Daniella Coker, Devika Dhamija, Sayantan Das, Sarah L. Elson, Teresa Filshtein, Kipper Fletez‐Brant, Pierre Fontanillas, Will Freyman, Pooja Gandhi, Karl Heilbron, Barry Hicks, David A. Hinds, Karen E. Huber, Ethan M. Jewett, Yunxuan Jiang, Aaron Kleinman, Katelyn Kukar, Keng‐Han Lin, Maya Lowe, Marie K. Luff, Jennifer C. McCreight, Matthew H. McIntyre, Kimberly F. McManus, Steven J. Micheletti, Meghan E. Moreno, Joanna L. Mountain, Sahar V. Mozaffari, Priyanka Nandakumar, Elizabeth S. Noblin, Jared O’Connell, Aaron A. Petrakovitz, G. David Poznik, Anjali J. Shastri, Janie F. Shelton, Jingchunzi Shi, Suyash Shringarpure, Chao Tian, Vinh Tran, Joyce Y. Tung, Xin Wang, Wei Wang, Catherine H. Weldon, Peter Wilton, Matthew H. Law, Jennifer S. Yokoyama, Nicholas G. Martin, Xianjun Dong, Gabriel Cuéllar-Partida, Stuart MacGregor, Stella Aslibekyan, Miguel E. Rentería

Notice bibliographique

RevueSLEEP · 2022
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueObstructive Sleep Apnea Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Health and Medical Research CouncilAustralian Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of Queensland
Mots-clésGenome-wide association studyPhenomeGenetic associationBiologyQuantitative trait locusGeneticsBody mass indexHeritabilityMedicineBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismGenomeInternal medicineGenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

STUDY OBJECTIVES: Despite its association with severe health conditions, the etiology of sleep apnea (SA) remains understudied. This study sought to identify genetic variants robustly associated with SA risk. METHODS: We performed a genome-wide association study (GWAS) meta-analysis of SA across five cohorts (NTotal = 523 366), followed by a multi-trait analysis of GWAS (multi-trait analysis of genome-wide association summary statistics [MTAG]) to boost power, leveraging the high genetic correlation between SA and snoring. We then adjusted our results for the genetic effects of body mass index (BMI) using multi-trait-based conditional and joint analysis (mtCOJO) and sought replication of lead hits in a large cohort of participants from 23andMe, Inc (NTotal = 1 477 352; Ncases = 175 522). We also explored genetic correlations with other complex traits and performed a phenome-wide screen for causally associated phenotypes using the latent causal variable method. RESULTS: Our SA meta-analysis identified five independent variants with evidence of association beyond genome-wide significance. After adjustment for BMI, only one genome-wide significant variant was identified. MTAG analyses uncovered 49 significant independent loci associated with SA risk. Twenty-nine variants were replicated in the 23andMe GWAS adjusting for BMI. We observed genetic correlations with several complex traits, including multisite chronic pain, diabetes, eye disorders, high blood pressure, osteoarthritis, chronic obstructive pulmonary disease, and BMI-associated conditions. CONCLUSION: Our study uncovered multiple genetic loci associated with SA risk, thus increasing our understanding of the etiology of this condition and its relationship with other complex traits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,853
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,001
Bibliométrie0,0010,004
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,331
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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