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Enregistrement W4311826195 · doi:10.1084/jem.20220275

Human CARMIL2 deficiency underlies a broader immunological and clinical phenotype than CD28 deficiency

2022· article· en· W4311826195 sur OpenAlexafffund
Romain Lévy, Florian Gothe, Mana Momenilandi, Thomas Magg, Marie Materna, Philipp Peters, Johannes Raedler, Quentin Philippot, Anita Rack-Hoch, David Langlais, Mathieu Bourgey, Anna-Lisa Lanz, Masato Ogishi, Jérémie Rosain, Emmanuel Martin, Sylvain Latour, Natasha Vladikine, Marco Distefano, Taushif Khan, Franck Rapaport, M. Schulz, Ursula Holzer, Anders Fasth, Georgios Sogkas, Carsten Speckmann, Arianna Troilo, Venetia Bigley, Anna Roppelt, Yael Dinur-Schejter, Ori Toker, Karen Helene Bronken Martinsen, Roya Sherkat, Ido Somekh, Raz Somech, Dror S. Shouval, Jörn‐Sven Kühl, Winnie Ip, Elizabeth McDermott, Lucy Cliffe, Safa Barış, Hemalatha G. Rangarajan, Emmanuelle Jouanguy, Anne Puel, Jacinta Bustamante, Marie‐Alexandra Alyanakian, Mathieu Fusaro, Yi Wang, Xiao‐Fei Kong, Aurélie Cobat, David Boutboul, Martin Castelle, Claire Aguilar, Olivier Hermine, Morgane Cheminant, Felipe Suárez, Alişan Yıldıran, Aziz Bousfiha, Hamoud Al‐Mousa, Fahad Alsohime, Deniz Çağdaş, Roshini S. Abraham, Alan P. Knutsen, Børre Fevang, Sagar Bhattad, Ayça Kıykım, Baran Erman, Tuğba Arıkoğlu, Ekrem Ünal, Ashish Kumar, Christoph B. Geier, Ulrich Baumann, Bénédicte Neven, Julie Calas, Elizabeth Feuille, Angela Chan, Gözde Yeşil, Justine Nammour, Élise Bandet, Capucine Pïcard, Ibtihal Benhsaien, Peter Lang, Faranaz Atschekzei, Klaus Warnatz, Sophie Hambleton, Mukesh Desai, Elif Karakoç-Aydıner, Burcu Kolukısa, Saleh Al‐Muhsen, Mohammed F. Alosaimi, Funda Çipe, Anas M. Alazami, Gonca Hancıoğlu, Bilge Can Meydan, Hanne Sørmo Sorte, Asbjørg Stray‐Pedersen, Geetha Mammayil, Nazan Tökmeci, Anna Shcherbina, Polina Stepensky, Adeeb NaserEddin, Claire Rouzaud, Akihiro Hoshino, Oded Shamriz, Oren Ledder, Maria Elena Maccari, Carla N. Castro, Bodo Grimbacher, Reinhold E. Schmidt, Matthew Collin, В. В. Захарова, Meino Rohlfs, Christoph Walz, Laurent Abel, Bernard MALISSEN, Nico Marr, Christoph Klein, Jean‐Laurent Casanova, Fabian Hauck, Vivien Béziat

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Experimental Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Cell Function and Interaction
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Human Genome Research InstituteNational Institutes of HealthUniversité de ParisInstitut National Du CancerSociété Française de Dermatologie et de Pathologie Sexuellement TransmissibleAgence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesFonds de Recherche du Québec - SantéInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleDeutsche ForschungsgemeinschaftMeyer FoundationRockefeller UniversityNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesFisher Center for Alzheimer's Research FoundationAgence Nationale de la RechercheWellcome TrustFondation pour la Recherche MédicaleJPB FoundationDeutsches Zentrum für InfektionsforschungFulbright AssociationCare-for-Rare FoundationElse Kröner-Fresenius-StiftungNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable TrustGeorge Mason UniversityMercatus Center, George Mason UniversityStyrelsen för Internationellt UtvecklingssamarbeteYale UniversityFast GrantsBundesministerium für Bildung und ForschungSt. Giles FoundationHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésImmunologyPhenotypeCD28CD8BiologyAlleleNFATImmune systemInflammationGeneticsGeneTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Patients with inherited CARMIL2 or CD28 deficiency have defective T cell CD28 signaling, but their immunological and clinical phenotypes remain largely unknown. We show that only one of three CARMIL2 isoforms is produced and functional across leukocyte subsets. Tested mutant CARMIL2 alleles from 89 patients and 52 families impair canonical NF-κB but not AP-1 and NFAT activation in T cells stimulated via CD28. Like CD28-deficient patients, CARMIL2-deficient patients display recalcitrant warts and low blood counts of CD4+ and CD8+ memory T cells and CD4+ TREGs. Unlike CD28-deficient patients, they have low counts of NK cells and memory B cells, and their antibody responses are weak. CARMIL2 deficiency is fully penetrant by the age of 10 yr and is characterized by numerous infections, EBV+ smooth muscle tumors, and mucocutaneous inflammation, including inflammatory bowel disease. Patients with somatic reversions of a mutant allele in CD4+ T cells have milder phenotypes. Our study suggests that CARMIL2 governs immunological pathways beyond CD28.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,831
Score d'incertitude au seuil0,997

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,334
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations39
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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